Codes

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          • I Alphabets
        • iterators
          • II Iterators
    • operation
      • delete code
        • my_app.cpp (Rev. 32 @ 0000)
        • delete_due_to_wrong_insert
          • my_app.cpp (Rev. 2 @ 0000)
      • paste code
        • paste_completefile
          • my_app.cpp (Rev. 0 @ 0000)
        • paste_snippet
          • my_app.cpp (Rev. 22 @ 0000)

            Anwender guckt in Iterators-Doku nach und kopiert nun von dort den Code

          • my_app.cpp (Rev. 1 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 21 @ 0000)

            Anwender hat Geduld verloren und Code Snippet eingefügt. Allerdings hat er vergessen, TAminoAcidString zu definieren.

        • paste line
          • my_app.cpp (Rev. 20 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 18 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 19 @ 0000)
      • correctly pasted snipped
        • my_app.cpp (Rev. 5 @ 0000)
      • reorder code
        • my_app.cpp (Rev. 6 @ 0000)
      • add code
        • my_app.cpp (Rev. 8 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 30 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 28 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 12 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 13 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 25 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 26 @ 0000)
      • comment out code
        • my_app.cpp (Rev. 29 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 15 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 30 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 16 @ 0000)

          zusammen mit apiua://diff/0meio6dzt3eo1wj7/15/sandbox%2Fmy_sandbox%2Fapps%2Fmy_app%2Fmy_app.cpp null-Operation ansonsten kleiner schritt vorwärts

        • my_app.cpp (Rev. 7 @ 0000)
      • modify code
        • my_app.cpp (Rev. 31 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 19 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 9 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 24 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 27 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 23 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 10 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 11 @ 0000)
        • implode to shortcut
          • my_app.cpp (Rev. 32 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 14 @ 0000)
        • explode shortcut
          • my_app.cpp (Rev. 15 @ 0000)
    • purpose
      • verify / check understanding
        • verification failed
        • verification succeeded
          • my_app.cpp (Rev. 29 @ 0000)
      • get it running
        • my_app.cpp (Rev. 32 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 22 @ 0000)

          Anwender guckt in Iterators-Doku nach und kopiert nun von dort den Code

        • my_app.cpp (Rev. 24 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 1 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 20 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 25 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 10 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 19 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 21 @ 0000)

          Anwender hat Geduld verloren und Code Snippet eingefügt. Allerdings hat er vergessen, TAminoAcidString zu definieren.

        • my_app.cpp (Rev. 16 @ 0000)

          zusammen mit apiua://diff/0meio6dzt3eo1wj7/15/sandbox%2Fmy_sandbox%2Fapps%2Fmy_app%2Fmy_app.cpp null-Operation ansonsten kleiner schritt vorwärts

        • my_app.cpp (Rev. 26 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 8 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 15 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 30 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 23 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 13 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 31 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 9 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 12 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 14 @ 0000)
        • corrected fault
          • my_app.cpp (Rev. 5 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 11 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 28 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 27 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 2 @ 0000)
        • preparation
          • my_app.cpp (Rev. 0 @ 0000)
        • std::cout <<
          • my_app.cpp (Rev. 18 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 26 @ 0000)
      • accord to docs
        • my_app.cpp (Rev. 14 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 6 @ 0000)
      • harden code
      • go beyond tutorial
        • my_app.cpp (Rev. 7 @ 0000)
    • qualification
      • beginner
        • 0meio6dzt3eo1wj7

          Sequentielle statt evolutionäre Darstellung von Lösungen (Tutorials)
          
          @20 , @21 

          Anwender hat Shortcut " TAminoAcidString" zu String<AminoAcid>
          
          Eigentlich lautet der Shortcut " Peptide".

          ??? Mangelndes Domänenwissen ???
          
          Anwender kopiert 2. Codeblock. Der verwendet allerdings noch TAminoAcidString.
          
          20min suche nach Lösung.
          
          Verwendung des Iterators-Basic-Codes:

          seqan::String<char> str = "admn";
          seqan::Iterator<seqan::String<char> >::Type it = begin(str);
          seqan::Iterator<seqan::String<char> >::Type itEnd = end(str);

          Ersetzung von String<char> durch String<AminoAcid>

           

          @24
          
          Moral:
          Statt Peptide wurde im Tutorial TAminoAcidString eingeführt.
          Hätte man Peptide verwendet, wäre alles glatt gelaufen.
          
          Lineare Aufbereitung der Lösung (im Gegensatz zur evolutionären - also von Version zu Version) eignet sich nicht für eine nicht lineare Lösung.
    • progress
      • step forward
        • my_app.cpp (Rev. 0 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 24 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 25 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 18 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 28 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 11 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 23 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 5 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 27 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 7 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 30 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 26 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 12 @ 0000)
        • abort; step forward due to paste operation
          • my_app.cpp (Rev. 21 @ 0000)

            Anwender hat Geduld verloren und Code Snippet eingefügt. Allerdings hat er vergessen, TAminoAcidString zu definieren.

          • my_app.cpp (Rev. 22 @ 0000)

            Anwender guckt in Iterators-Doku nach und kopiert nun von dort den Code

        • undo errornous step
          • my_app.cpp (Rev. 2 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 32 @ 0000)
      • erroneous step
        • paste code wrong place
          • my_app.cpp (Rev. 1 @ 0000)
        • wrong understanding of template programming
          • my_app.cpp (Rev. 8 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 9 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 31 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 10 @ 0000)
        • wrong function usage
          • missing parameters
            • my_app.cpp (Rev. 13 @ 0000)
            • my_app.cpp (Rev. 14 @ 0000)
        • typo
          • my_app.cpp (Rev. 17 @ 0000)
        • missing typedef
          • my_app.cpp (Rev. 20 @ 0000)
          • my_app.cpp (Rev. 19 @ 0000)
        • iterator not resetted
          • my_app.cpp (Rev. 26 @ 0000)
        • missing ;
          • my_app.cpp (Rev. 26 @ 0000)
      • null
        • my_app.cpp (Rev. 29 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 15 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 16 @ 0000)

          zusammen mit apiua://diff/0meio6dzt3eo1wj7/15/sandbox%2Fmy_sandbox%2Fapps%2Fmy_app%2Fmy_app.cpp null-Operation ansonsten kleiner schritt vorwärts

        • my_app.cpp (Rev. 14 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 32 @ 0000)
        • my_app.cpp (Rev. 6 @ 0000)
  • Phases
    • IDE preparation
      • [IDE preparation]
    • file creation
      • sandbox creation
        • automatic sandbox creation
          • [automatic sandbox creation]
        • manual sandbox creation
      • test creation
        • automatic test creation
          • [automatic test creation]
        • manual test creation
      • app creation
        • automatic app creation
          • [automatic app creation]
        • manual app creation
    • playing around
      • [playing around]
    • off computer
      • Rev. 11 @ 0000 - 3m 17s
    • pre-preparation
      • [pre-preparation]
    • work on tutorial
      • I Alphabets
      • Sequences A2 - All Strings of a given length

        5lpcjqhy0b9yfech 

        All Strings of a given length

        Endzustand

        Ausgabe für von allen Permutationen der Zeichen von 'a' - 'z' der festen Länge 3.
        Aufrufe unnötig kompliziert; keine Rekursion wie Aufgabenstellung verlangt.
        Ausgabe wird bei jedem Funktionsaufruf kopiert; d.h. keine Referenz verwendet.

        aaa,aab,aac,aad,aae,aaf,aag,aah,aai,aaj,aak,aal,aam,aan,aao,aap,aaq,aar,aas,aat,aau,aav,aaw,aax,aay,aaz,aba,abb,abc,abd,abe,abf,...

        Schritte

        1. Iteration #22​
           1. Sicherung von apps/my_app/my_app.cpp@22 nach apps/first_app/first_app.cpp@22 
           2. Kein Aufruf mehr der fehlerhaften countOneMers-Funktion
           3. Hinzufügen von Funktion void printPermutations(int len), die ein Alphabet mit len verschiedenen Symbolen ausgeben soll
              ​Problem: Verwendung von Laufzeitvariable als Template-Parameter
        2. Iteration #23 
           1. Erweiterung um Funktion void permutations2(int len, String<char> & str)
              Diverse Syntaxfehler
        3. Iteration #24 
           1. Fehlerhafte Entfernung des Referenzoperator "&" zum Sammeln der Ausgabe
              ​Syntaxfehler
        4. Iteration #25 Behebung Syntaxfehler
        5. Iteration #26 Iteration #27 Workaround gefunden, den gelöschen Referenzoperator "&" zu ersetzen.
      • Alignments A2 - Semi-Global Alignment

        5lpcjqhy0b9yfech

        Alignments A2 - Semi-Global Alignment

        Endzustand

        Erfolgreich alle 'a' durch 'X's ersetzt.

        abcdefghijklmnopqrstuvxyz
        Xbcdefghijklmnopqrstuvxyz
        Hello SeqAn!
        Hello SeqAn!
        Hello Seqan!
        Hello SeqXn!

        Schritte

        1. Iteration #28​ 
           Umschreiben von void permutations2(int len, String<char> str) nach void replaceAs(String<char> str)
           1. ​Vermutlich for-Kopf von trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Sequences ⇅3474
           2. Vermutlich for-Körper von trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Sequences ⇅4148 
           3. Fehlende geschweifte Klammer für for-Schleife
        2. Iteration #29 Fehlende Klammer gesetzt
      • II Iterators
      • Sequences A1 - Generic Character Counting

        5lpcjqhy0b9yfech 

        Generic Character Counting

        Endzustand

        Gescheitert an der Aufgabe, Character Counting so umzuschreiben, dass statt String<char> eine Template-Variable verwendet wird.
        Ursache siehe Schritte 1.2.

        Schritte

        1. Iteration #21  
           1. Sicherung von apps/my_app/my_app.cpp@21 nach apps/first_app/first_app.cpp@21 
           2. Ersetzung von String<char> durch template<typename T>
              ​Problem: Zugriff letterNum[thisLetter]++; funktioniert, nicht, weil thisLetter vom Typ DNA sein kann und dafür der Bracket-Operator nicht überladen wurde
              ​Mögliche (und von einem SeqAn-Entwickler and Standardlösung empfohlende) Lösung: ordValue(thisLetter)
              > Problem wird nicht gelöst
           3. ​Aufruf mit String<char>, String<Dna> und String<AminoAcid>
      • Sequences A1 - Character Counting

        5lpcjqhy0b9yfech 

        Endzustand

        Erfolgreiches Zählen der Anzahl Vorkomnisse von Buchstaben in String.

        word: hello world
        letter  : 1
        letter d: 1
        letter e: 1
        letter h: 1
        letter l: 3
        letter o: 2
        letter r: 1
        letter w: 1
        word: banana
        letter a: 3
        letter b: 1
        letter n: 2
        word: mississippi
        letter i: 4
        letter m: 1
        letter p: 2
        letter s: 4

        Schritte

        1. Iteration #11  
           • Sicherung von apps/my_app/my_app.cpp@11 nach apps/first_app/first_app.cpp@11 
           • apps/first_app/first_app.cpp@11 
             Ersetzen des Quelltextes durch ein fehlerhaftes Programm, das die Anzahl von char ein einem String ausgibt.
             1. Initialisierung der zu inkrementierenden Elemente von letterNum
             2. Fehlender resize auf letterNum (speichert Ergebnis)
             3. Fehlender Typ bei Funktionskopf countOneMers
             4. Char statt char
        2. Iteration #12  Korrekte Ersetzung von Char durch char
        3. Iteration #13  main-Funktion ans Ende der Datei verschoben
        4. Iteration #14  Korrekte Ergänzung des Parameter-Datentyps in der Funktionssignatur
        5. Iteration #15  Verwendung seqan als default namespace
        6. Iteration #16  Rückgabewert von main = 0
        7. Iteration #17  
           • Korrekte Ergänzung um resize der Rückgabewerts von countOneMers
           • Rückänderung von Rückgabewert main = 1
        8. Iteration #18  
           Für Ausgabe des countOneMers-Arguments (String<char> str) wird

        9. #include <seqan/file.h>
           

           benötigt. Von Benutzer korrekt hinzugefügt.
           Sonst Fehlermeldung:

           Undefined symbols for architecture x86_64:
           "void seqan::write<std::ostream, seqan::String<char, seqan::Alloc<void> > >(std::ostream&, seqan::String<char, seqan::Alloc<void> > const&)", referenced from:
           std::ostream& seqan::operator<< <std::ostream, char, seqan::Alloc<void> >(std::ostream&, seqan::String<char, seqan::Alloc<void> > const&) in tutorial_first_examples.cpp.o
           ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
           clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
           make[2]: *** [sandbox/bkahlert/apps/tutorial_first_examples/tutorial_first_examples] Error 1
           make[1]: *** [sandbox/bkahlert/apps/tutorial_first_examples/CMakeFiles/tutorial_first_examples.dir/all] Error 2
           make: *** [all] Error 
           

           Unklar, wie Anwender darauf kam (keine Spur in doclogs); aber knapp 6min Zeit gehabt, um jemanden zu fragen.

        10. Iteration #20  Korrekte Initialisierung des Zählarrays mit 0.

      • Alignments A1 - Global Alignment

        5lpcjqhy0b9yfech 

        Alignments A1 - Global Alignment

        Endzustand

        Nicht erfolgreiches Alignment von  acgtacgtact und  actactacgt .

        Schritte

        1. Iteration #30 - 00h 51m 56s  
           • Erste Hälfte " Berechnung " bis einschließlich  ::std::cout << align;  von (1)  trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Alignments ⇅2581​ 
             • Mehrminütiger Aufenthalt
             • Praktisch keine Änderungen
             • Änderungen von String<char> nach String<DNA>
           • Zweite Hälfte " Ausgabe " von (2) trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Alignments ⇅979​ 
             • Mehrminütiger Aufhenthalt
             • isGap-Bedingung in der Schleife hinzugefügt
           • Der Ausgabecode von (2)  trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Alignments ⇅979   benötigt row1 und row2. Diese Variablen werden in Codesnippet  (1)  trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Alignments ⇅2581​  allerdings nie verwendet und daher auch nicht definiert.
             Folge: Fehlende Definition von row1 und row2.
        2. Iteration #31 - 00h 01m 36s   
           1. Definition von row1 und row2 unvollständig ergänzt; Typdefinition fehlt:
              typedef Row<TAlign>::Type;
              in  trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Alignments ⇅567  zu finden
           2. 
              
              ähnlich gelagerter Fall:  0meio6dzt3eo1wj7 
      • Sequences A6 - Using Iterators

        5lpcjqhy0b9yfech

        Sequences A6 - Using Iterators

        Endzustand

        Erfolgreich alle 'a' durch 'X's ersetzt.

        abcdefghijklmnopqrstuvxyz
        Xbcdefghijklmnopqrstuvxyz
        Hello SeqAn!
        Hello SeqAn!
        Hello Seqan!
        Hello SeqXn!

        Schritte

        1. Iteration #28​ 
           Umschreiben von void permutations2(int len, String<char> str) nach void replaceAs(String<char> str)
           1. ​Vermutlich for-Kopf von trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Sequences ⇅3474
           2. Vermutlich for-Körper von trac.mi.fu-berlin.de/seqan/wiki/Tutorial/Sequences ⇅4148 
           3. Fehlende geschweifte Klammer für for-Schleife
        2. Iteration #29 Fehlende Klammer gesetzt
  • wrong usage of pre compiler code
    • tests/my_test/test_my_test.cpp (Rev. 7 @ 0000)

      test_my_test_strings_example1 ist eine Prä-Prozessor-Variable und kann nicht durch einen Wert wie "Hello world" belegt werden - falsches Verständnis vom Test-Framework ODER - mangelnde C++-Kenntnisse (User nennt selbst, er hätte nur Beginner-Skills im Fragebogen)

  • copy code into wrong file
    • tests/my_test/test_my_test.cpp (Rev. 8 @ 0000)

      Anwender hat Test-Code (genauer: den aufrufenden Teil; Rest in Header-Datei noch da) entfernt. um "Hello World!" auszuführen. Knapp 11min sind bis zu diesem Zeitpunkt vergangen. Möglicherweise hat der Anwender nach Hinweise gesucht - wie es grundsätzlich weitergeht (steht doch im Tutorial...) - wie Tests auszuführen sind. Schlussendlich hat der Anwender die Hello World-Zeilen aus dem GettingStarted (vermutlich fälschlicherweise) in die test.cpp statt in die my_app.cpp kopiert.

  • Offensichtliche Usability-Probleme
    • inconsistency
    • Ungenaue Suche (z.B. keine Gruppierung, String nicht auf 1. Platz)
    • Inkonsistente Ordnung von Parametern
  • Lernen / Gebrauch / Schwierigkeiten
    • Schwierigkeiten

      Eine nicht näher erklärte Schwierigkeit.

      Wird verwendet, wenn eine Relation kodiert werden soll, ohne mehr über die Schwierigkeit zu wissen.

      In den Cognitive Dimension Questionnaires tritt dieser Fall auf.

      • “Wenn es wenig Beispiele gibt […]” 60ba - viscosity  bezieht sich auf die Frage “Are there particular changes that are more difficult or especially difficult to make? Which ones?"
      • 60ba - viscosity

        Befragter spricht von “Funktionalität"

        Die Bedeutung war mir erst unklar.
        Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

        Transkription:
        Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

    • Domain Correspondence

      Die Eignung von SeqAn-Vokubal (Lösungswelt) und dem realen Vokabular (Problemwelt) wird als gut beschrieben.

      Trotzdem sei hier auf Probleme der Benennung / Benamung / Namensgebung  verwiesen.

      • a202 - domainCorrespondence
      • 60ba - domainCorrespondence
    • Inbetriebnahme / Setup / Installation
      • SVN

        Installation umständlich

        • eb6d - personal
    • Fehleranfälliger Gebrauch von const
      • 3ff7 - errorProneness
• Interessante Usability-Probleme
  • Programmieren mit Beispiel-Code

    Von Letondal ebenfalls durch Erfragungen von Bioinformatikern herausbekommen

     

    • missing vardef/typedef in one of similar snippets
      • ERROR
      • ERROR
      • ERROR
      • ERROR
      • ERROR
      • ERROR
      • ERROR
      • ERROR
      • Rev. 31 @ 0000 - 1m 36s
      • ERROR
  • Unintuitive Sprachkonstrukture
    • Assignment to method call
      • ERROR
      • HE - Basics apiua://he/basics
    • incrementation of method call
      • HE - Basics apiua://he/basics
  • Nicht-Unterscheidbarkeit von Klassen und Metafunktion
    • apps/my_app/my_app.cpp (Rev. 24 @ 0000)
  • Optional Power Functions
    • HE - Metafunctions apiua://he/metafunct...
  • 2-Gleisigkeit
    • HE - Basics apiua://he/basics
  • Globales Interface
    • Typische Eigenschaften wie size/length sind Funktionen
      • Function size http://docs.seqan.de...
    • Auflistung verfügbarer Funktionen nur in Dox
      • http://docs.seqan.de
    • GI vs. OOP
• Reste
  • End-User Programming
    • Gebrauchserwartung

      End-User Programmer (End-User Software Engineering - EUSE) (siehe citep{Ko:2011el}) tendieren dazu, die Annahme zu treffen, die Eigenentwicklung sei nur für den eigenen Gebrauch.

      Tatsächlich wird sie häufig häufiger als angenommen gebraucht und an Arbeitskollegen weitergegeben. Es entsteht eine Art Standardsoftware im Unternehmen.

      Damit steigen die technischen Schulden - aufgrund des Problems der Pfadabhängigkeit (“Fehler verseucht den folgenden Ast des Abhängigkeitsbaums”) - im Vergleich zur ursprünglichen Annahme.
      vgl. Quellen aus http://en.wikipedia.org/wiki/Path_dependence zitieren.
      Siehe auch Faktor-10-Problem (Prechelt fragen)

       

      Alle Phänomene stark intepretiert!

      • 3ff7 - durability

        Warnung: Viel interpretiert

  • Lernbarrieren

    Six Learning Barriers in End-User Programming Systems bibtex://AndrewJKo:2... 

    • Six Learning Barriers in End-User Programming Systems bibtex://AndrewJKo:2...
    • Designbarriere

      “I don’t know what I want the computer to do...”

      • Bibliothekszuständigkeit

        Die Funktionsbreite ist laut 7c79 - personal  unklar.

        Daher stellt an sich die Frage, welche Funktionalität nun durch C++ und welche durch SeqAn erbracht wird.

    • Selektionsbarriere

      “I think I know what I want the computer to do, but I don’t know what to use...” 

      • Fehlende Funktionskategorisierung

        Wie sind Funktionen kategorisiert?

        Funktionen sind nicht kategorisiert.

        Die Zugehörigkeit mancher Funktionen im Quelltext wie length oder value kann nicht problemlos erkannt werden, wenn es diese überhaupt gibt.

        citep{Stylos:2008jt} sprechen von “method ownership”
        Kritisch: semantisch liegt method ownership vor, aber nicht mehr technisch

        length hat tatsächlich keine Zugehörigkeit. Sie akzeptiert jedes Element und gibt im Zweifel 1 zurück.

        Möglichkeiten

        Kategorie kann aufgabenbezogen (Quelle suchen!) oder subjektbezogen sein.

        Beispiel: Aufgabenbezogen = Sequenzanalyse, Subjektbezogen: Sequenz

        In OOP typischen Kategorisierungsinstrument: Klasse

      • Identifikation relevanter Funktionen

        Welche Funktionen stehen mir zur Verfügung?

        Anfänger beschreiben, dass Sie anfänglich nicht wissen, welche Funktionen ans Ziel führen / helfen?

        Mögliche Ursachen: Vocabulary Problem , Online-Dokumentation (Verbessert, Confusing) , (auch: Starter Object )

        Ist immer mit viel Zeitaufwand verbunden!!!

        Stand:

        Fehlende Funktionskategorisierung  ist Ursache für Probleme bei der Identifikation relevanter Funktionen

        Behebung vom Identifikationsproblem:

        Neben einer Funktionskategorisierung kann das auch eine sehr gute Suchfunktion sein.

        Grundsätzlich:

        Diese Information liegt vor, sie wird in der technischen Implementierung aber nicht abgebildet, sondern nur in der Doku.

        in the documentation there is this kind of informa... (z.B. String.length)

    • Koordinationsbarriere

      “I think I know what things to use, but I don’t know how to make them work together...”

    • Gebrauchsbarrieren
      • Funktionsgebrauch

        Wie verwende ich diese Funktion?

        Wenn man weiß, welche Funktion hilft aber nicht, wie diese anzuwenden ist, stellt das ein Problem dar.

        Mögliche Ursachen:

        • Template Programming 

        Weitere Formen / Teil-Bestandteile:

        • Metafunktionen 

        Konsequenz: Mangelnde Persistenz 

    • Verständnisbarrieren
      • Funktionsweise

        Was macht die Funktion (intern)?

        Die Funktionsweise - also was tut die Funktion - einer Funktion ist nicht selbsterklärend bzw. es bestehen Unsicherheiten.

    • Informationsbarrieren
      • Funktionszweckunerkennbarkeit

        Macht die Funktion jetzt X oder Y?

        oder: 2 Funktionen brauchen auch 2 Namen

        Das Verhalten / der Zweck einer Funktion kann nicht erkannt werden.

        Warum? Weil die Funktionen nicht kategorisiert sind und somit nicht das primary/starter object erkennbar ist.

        Beispiel:

        TInfix label(frag, stringSet, seqID);

        http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=Fragment#Fragment%23label

        TAlphabet label(it);

        http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=OutEdgeIterator#OutEdgeIterator%23label 

        Fehler werden vornehmlich von Anfängern / Workshop-Besuchern gemeldet

  • Ursache
    • Fehlendes Benennungschema

      Unterschied zwischen Dna5 und Dna5String unklar.

      Entweder fehlt die Erklärung des Benennungsschemas und letzteres existiert gar nicht.

      Weitere Beispiele könnten auch sein String<String> und StringSet.

      Wäre es da würde es folgendes tun:

      Shortcuts erklärt und erkennbar gemacht, also dessen Role Expressiveness (Unzuverlässig) erhöht

      • AL: If you have a metafunction and this double col...
      • There should be an explanation in the tutorials (4...
    • Geringer Usability-Anspruch
    • Nicht-technische Modellierung

      Der API-Entwurf ist nicht vollständig technisch umgesetzt / erzwungen.

      So gibt es in SeqAn logisch immer noch Memberfunktionen. Technisch sind diese allerdings global definiert.
      Tatsächlich gibt es ein Reihe von LETs, die kein technisches Pendant besitzen und nur in der Dokumentation existieren und - wenn überhaupt - nur an Benennungsregeln erkannt werden können.

• Theory über die Auswirkungen von Entwurfsentscheidungen
  • Entwurfsentscheidung

    Dokumentation von ~ ist besonder wichtig für Top-Down-Lernen (erste Hypothesen benötigen besonders abstrakte Informationen) cite{Brooks:1983fj}.

    Gilt (besonders) für Domänenexperten, da diese Top-Down vorziehen citep{Shaft:1998tc}

    Geordnet nach fref{fig:APIDesignDecisions}
    cite{Stylos:2007ip}  Stylos, J., & Myers, B. (2007). Mapping the Space of API Design Decisions. Visual Languages and Human-Centric Computing, 2007. VL/HCC 2007. IEEE Symposium on, 50–60. doi:10.1109/VLHCC.2007.44 bibtex://Rosson:2007...  

    ​Entscheidungsgrundlage (nur bei explizit bewertbar, bei implizit nicht: argumentativ würde ja wieder explizit bedeuteun) es gibt den Wert implizt-intuitiv nicht, weil man nicht sagen kann, ob die augenscheinliche Intuiotion nicht doch auf qualitifizierte Argumentation oder empirischen Erkenntnissen basiert

    

    Eigenschaften

    • Entwurfsentscheidungsziel (Performance, Usability) 
    • Entwurfsentscheidungsmotivation (Zielverfolgungsabsicht, notwendige Folgeentscheidung) 
    • Entwurfsentscheidungsgrundlage (implizit ... explizit-empirisch) 
    • Stylos, J., & Myers, B. (2007). Mapping the Space of API Design Decisions. Visual Languages and Human-Centric Computing, 2007. VL/HCC 2007. IEEE Symposium on, 50–60. doi:10.1109/VLHCC.2007.44 bibtex://Rosson:2007...
    • Architektonisch
      • Templatemetaprogrammierung

        siehe auch Metafunktionen 

        Template Programming ist ein “selten” gebrauchter bzw. unwissentlich gebrauchter Sprachbestandteil.

        Er führt LETs ein, die den meisten Anwendern unbekannt sind. Unbekannte Konstrukte / LET

        Syntax schwierig. Führt zu schlechterem Verständnis citep{BenShneiderman:gn,Shneiderman:1977jj} von SeqAn

        cite{Letondal:2006dy} beobachtete, dass Bioinformatik (Endanwender) nur Änderungen an Code machten, Code aber nie überschrieben (zu anspruchsvoll). Genau das müsste man aber bei TP tun. Zeigt sich auch in den Daten. TP-Mechanismus praktisch nie verwendet.

        Vom Bjarne Stroustrup, dem Vater von C++: C++ directly supports a variety of programming styles. In this, C++ deliberately differs from languages designed to support a single way of writing programs. http://www.stroustrup.com/oopsla.pdf
        - auch TP möglich, aber unerwartet (eine (OOP) der drei Hauptlügen)

        - Häufiges Bedürfnis, existierendesn Tool anzupassen (spricht auch für SeqAn) citep{Letondal:2006dy}
        WICHTIG für SeqAn: Döring hatte beabsichtigt, dass SeqAn erweitert wird (mittels Template Mechanismus). Das ist in den Daten aber nicht zu sehen. Da wird nur Glue Code geschrieben. Letondal bestätigt das. Bioinformatiker bei ihr haben auch nur Änderungen an Code vorgenommen, der sie selbst kontrollieren. Selbst das Überschreiben von Methoden kam denen nicht in den Sinn.

        C++ zu schwierig für Bioinformatiker citep{Tisdall:2001td}

        Vom Bjarne Stroustrup, dem Vater von C++: C++ directly supports a variety of programming styles. In this, C++ deliberately differs from languages designed to support a single way of writing programs.
        http://www.stroustrup.com/oopsla.pdf
        - Aber Verwirrung (muss nach Interpretation der Ergebnisse - besonders, bei Schock-Zustand, den neue SeqAn-Anwender haben, wenn Sie merken, dass es gar kein OOP ist)

        Konzeptionelle Fehlentscheidung, denn Anwender sind auch Endanwender-Programmierer und die können kein Template Programming. TP mit der Motivation der ultimativen Erweiterbarkeit. Für SeqAn-Entwickler super (die standen wohl im Fokus). Für SeqAn-Endanwender ein Alptraum. 

        citep{GogolDoring:2009vz} Diss
        -- Core-Design auf einer Handvoll von Techniken
        -- jede Technik "limited complexity"
        -- "our approach may be not as common for most programmers" wie OOP
        -- Fehlermeldungen immer noch "ziemlich" verständlich
        -- Vereinfachung durch template subclassing

        • SeqAn-Python bibtex://Reid:R1ZT4-...

          John war Besucher des Workshop’14.

          Für sein Paper implementierte er eine Python-Schicht, deren Quellcode online ist.

          Dazu musste er sämtliche verwendete Templates vollständig instanziieren.

          Genannter Grund bei persönlicher Befragung:

          - Template-Programmierung zu kompliziert
          - zieht Python vor

          

          

        • Metafunktionen

          Analyse:

          Sinn & Zweck von Metafunktionen unklar, obwohl an mehreren Stellen der Versuch, diese zu erklären (first steps tutorial,  http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions).

          1. Die Ressourcen sind verstreut. Es gibt keine zentrale Anlaufstelle mit Überblick.
          2. Alle bisherigen Ressourcen sind sehr verbose. Der Kern der Aussage geht im technischen Gewusel unter.
             Z.B.  http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions  Absatz 2: "What we need therefore is a mechanism that returns an output type (e.g. the value type) given an input type (e.g. the string)".
             
             Statt jetzt ein Beispiel zu geben, wie das gelöst wird, kommen 780px Text (4 Absätze und 3 Code-Beispiele). Und dann die magische Codezeile, die mitten im Code-Beispiel untergeht: typename Value<T>::Type temp = str[0]; 

          Beispiel (fängt mit erster relevanter Zeile an und hört mit letzter relevanter Zeile auf):

          ​

          Dahinter steckt wahrscheinlich, dass die Autoren nie die  Perspektive des Anwenders  - nein: des  End-User Programmers  - eingenommen haben.

          Er möchte die Library einsetzen und nicht in ihr wie in einem Framework arbeiten. (Lüge 2)

          Er braucht Heuristiken; ein hinreichend entwickeltes mentales Modell.
          Z.B: Metafunktion statt Typ angeben (sonst müsste man ja nachschlagen, welcher Typ hier gilt)

          Lösung abstrakt

          Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in  http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions  erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch  Template Programming  .

          Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen. Das Konzept - also Namensgebung, Aufgabengebiet, Funktionsumfang,  ist neu und muss erklärt werden.

          Lösung konkret

          Funktion mit ohne ohne Value<...>.

          Änderung hervorgehoben.

          Seitentitel: How does SeqAn differ?

          Linke Spalte: 

          void exchangeFirstValues(String<AminoAcid> & str)
          {
              if (length(str) < 2) return;
              AminoAcid temp = str[0];
              str[0] = str[1];
              str[1] = temp;
          }

          Rechte Spalte:

          template <typename T>
          void exchangeFirstValues(T & str)
          {
              if (length(str) < 2) return;
              typename Value<T>::Type temp = str[0];
              str[0] = str[1];
              str[1] = temp;
          }

          - Vorteil links: einfach zu schreiben
          - Nachteil links: nicht generisch

          - Vorteil rechts: generisch, mächtig
          - Nachteil rechts: mehr zu schreiben

          • Konventionen

            1

            Bennenungskonventionen werden vom Alignment-Modul missachtet:

            global/localAlign müsste globally/locallyAlign heißen

            Align müssten Alignment heißen.

            

            2

            Metafunction::Value / ::VALUE (Value = real function / VALUE = static const variable; gibt statischen Wert zurück)
            Unterschied bereits im Buch nicht geklärt (citep{gogol2009biological} S.52)

            Anwender treffen in Tutorials (also beim Einsteig) auf dieses Problem

            Sollte bei erster Erwähnung von Metafunctions verlinkt sein. There should be an explanation in the tutorials (4... 
            Z.B. First Steps Tutorial People found the link in the First Steps Tutorial ... 

            • AL: If you have a metafunction and this double col...
            • There should be an explanation in the tutorials (4...
            • RR: explains the difference (VALUE: static const v...
            • Best location for this information: "Where you fir...
            • People found the link in the First Steps Tutorial ...
        • Generische Programmierung

          Grund: Erweiterbarkeit

          Das global interface mit seinen global interface functions ist eine SeqAn zugrunde liegende Design-Entscheidung, welches technisch durch den Einsatz von Templatemetaprogrammierung  realisiert wird.

          Die Grundidee ist, dass es generisch benannte globale Funktionen gibt, die für bestimmte Eingaben spezialisiert werden können.

          Funktionen können:

          • überhaupt ein Problem lösen (d.h. es gibt auch ungültige Eingabetypen)
            Bsp.: http://docs.seqan.de/seqan/dev3/index.html?q=length gilt für alle Eingaben, http://docs.seqan.de/seqan/dev3/?p=globalAlignment nicht
          • ein Problem effizienter lösen
            Bsp.: http://docs.seqan.de/seqan/dev3/?p=globalAlignment fällt in Abhängigkeit seiner Eingabe auch verschiedene Implementierungen mit gleichem Zweck zurück
          • verschiedene Probleme lösen

          Die generischen Funktionen in SeqAn verändern ihr Verhalten also in Abhängigkeit ihrer Parameter.
          Auch kann sich dabei der Rückgabewert ändern (was in C++ nicht unüblich ist):

          • http://docs.seqan.de/seqan/dev3/class_Fragment.html#Fragment%23label gibt ein Infix zurück
          • http://docs.seqan.de/seqan/dev3/specialization_EdgeIterator.html#Interface_Function_Overview gibt ein TAlphbet zurück

          Den Funktionen fehlt der Kontext / das starter/primary object, wie dies in den meisten OOP-Sprachen technisch erzwungen wird. In SeqAn existiert die Zugehörigkeit nur inhaltlich und muss der Dokumentation entnommen werden.

          In seiner aktuellen Form führt das global interface zu Inkonsistenzen bzgl. STL.

          ​

          Gespräch mit Martin Merl (22.09.2014):

          Es gibt nicht nur das Start Object Problem, es kann auch sein, dass das Verb (also die Funktion) im Mittelpunkt steht.
          Dann wäre der Gebrauch von globalen Funktion förderlich.

          Abhängig vom Background des Anwenders, kann es aber auch sein, dass der Funktionsname und nicht das Object im Mittelpunkt steht. Also als erste Frage nicht womit ich etwas mache, sondern was -> verb(object) statt object.verb()

        • Template-Spezialisierung

          Grund: Polymorphie

          Template-Spezialisierung:

          String<TValue, TSpec>

          Spec ist nicht nur atomar

          String<Dna> myGenome; // A default string of nucleotides.
          String<Dna, Alloc<> > myGenome; // The same as above.

          sondern kann selbst ein Template sein

          String<Dna, Array<100> > genome

          Ganze Programmkonstruktute bleiben größtenteils unverändert, wenn String<Dna> nach String<AminoAcid> geändert wird.

           

          siehe auch Generezität 

      • Framework vs. Library

        SeqAn war ursprünglich als Framework konzipiert.

        Marker:

        • Ausspruch: “in SeqAn lösen/programmieren”, dabei müsste es “in SeqAn” heißen
        • Verwendung von SeqAns Template Programmierung
        • Programmierung in Form von Apps, die sich in einer eigenen Sandbox befinden
        • Verwendung von SeqAns Build Prozess (aka CMake) - alternativlos wegen der Generierung von Forwards mittels python script, der im Build-Prozess eingebaut ist

        Weiterentwicklung zur Library
        (wie sie schon immer beworben wurde!):

        • seit 2012
        • einfache Inkludierung der seqan.h möglich
        • Abschluss mit Beseitiung von Forwards
        • 7c79 - provisionality

          Aufzählung von C, dabei ist ja SeqAn abwärtskompatibel und ein Platformwechselunnötig.

      • Dokumentationsformat

        Urpsünglich wurde DDDoc verwendet.

        Explizit-argumentativ, Notwendigkeit wegen Konzepten (C++), da nicht in Doxygen unterstützt

        Vermutlich die Dokumentationsqualität verringert, weil die Syntax und Lesbarkeit beeinflusst ist.

    • Sprachlich
      • Shortcuts

        Werden verständlicher mit existierendem   Fehlendes Benennungschema

        Design-Feature von citep{GogolDoring:2009vz} zur besseren Usability

        “I don’t like Shortcuts” 

        “If you read Peptide it makes you think that it’s more than a shortcut.”  7i: If you read Peptide it makes you think that it...  

        (weitere Zitate siehe Citations)

        Stimmungsbild klar: Shortcuts nerven. Shortcuts kann man selber deklarieren. Shortcuts täuschen eine Komplexität vor, die es nicht gibt.

        Wenn dann, technisch.

        0 Leute für Domänen

        • generic (technical): 4(?)
        • domain-specific: 0
      • Domänen-spezifische Benennung

        Quelle SeqAn-Buch

        Verschiedene Domäne werden vermischt:

        z.B. technisches Vokabular: Alloc

        fachlich:

        - bioinformatik: String, Alphabets (Dna, Dna5, Rna, …), Gaps

        - biologie: peptide

        Gruppendiskussion: keiner spricht sich für Biologie aus

      • Datenstrukturmodifikation

        Wie erlaube ich API-Anwendern die Modifikation von Datenstrukturen.

        Bei SeqAn:

        Zwei Eigenschaften:

        • Direktheit (direkt, über Umwege)
          • direkt: x = 1, fn(x, 1), x[y] = 1
          • indirekt: fn(x) = 1, fn(fm(x, 1))
        • Explizitheit (mit Operator, mit Funktionsrückgabe)
          • explizit: x = 1,  fn(x) = 1
          • implizit: fn(x, 1), fn(fm(x, 1)
        1. fn(x, 1) - ändert x
        2. fn(x) = 1 - ändert x
        3. fn(fm(x), 1) - ändert x
        4. x = 1 - ändert x

         

        • direkt, explizit: x = 1
        • direkt, implizit: fn(x, 1)
        • indirekt, explizit: fn(x) = 1
        • indirekt, implizit: fn(fm(x, 1)

        Begründung von Rahn (siehe ph): Abhängigkeiten (Technisches Wegargumentieren)

        • RR: There are dependencies between the elements an...
    • Funktional

      Nicht in  Stylos, J., & Myers, B. (2007). Mapping the Space of API Design Decisions. Visual Languages and Human-Centric Computing, 2007. VL/HCC 2007. IEEE Symposium on, 50–60. doi:10.1109/VLHCC.2007.44 bibtex://Rosson:2007… ​ besprochen!!!

  • Anwender
    • 00c6 - studies
    • d3b2 - studies
    • aba9 - studies
    • a202 - studies
    • eb6d - studies
    • 3ff7 - studies
    • 60ba - studies
    • af6c - studies
    • c547 - studies
    • 7c79 - studies

      Molekularbiologie

    • 00c6 - workStyle
    • aba9 - workStyle
    • af6c - workStyle
    • a202 - workStyle
    • 3ff7 - workStyle

      Exploring und Understanding Time deuten darauf hin, dass der Anwender tatsächlich kein Opportunist ist (sonst hätte er mehr Implementation Time)

    • 7c79 - workStyle
    • d3b2 - workStyle

      Nur im Licht der anderen Beschreibungen so gedeutet, dass der modulare Aufbau von SeqAn Ursache ist für die Provisionality

    • 60ba - workStyle
    • c547 - workStyle
    • eb6d - workStyle
    • AL: "I just don't see the difference between Strin...
    • 00c6 - similiarSystems
    • a202 - similiarSystems
    • 3ff7 - similiarSystems
    • c547 - viscosity
    • c547 - learningStyle
    • 7I: main issue: "SeqAn is not like the Standard Te...
    • 7I: containers, …, …, "You expect to have all thes...
    • 7I: terators also members
    • 7I: Modification of iterators in very intuitive
    • 7I: "SeqAn is a completely different way of doing ...
    • “that’s my main point (problem)”
    • 7I: "If SeqAn … had the same way of doing things l...
    • “you don’t have to learn all the iterators and stu...
    • 7I: STL is templatized (“main issue”, “expected to...
    • KB: “not clear why you have to go through all this...
    • KB: If there information not always true since the...
    • c547 - domainCorrespondence
    • around half of the people

      Frage: “Who comes from the object-oriented world?” (me) Who comes from the object-oriented world? (15... 

    • "not comparable to the Java API"
    • AL: "auto-completing is missing"
    • AL: "members of the objects are not listed"
    • af6c - usageDurationUnit
    • aba9 - usageDurationUnit
    • a202 - proficiency
    • 7c79 - proficiency
    • c547 - usageDurationUnit
    • eb6d - personal
    • d3b2 - exploringPercentageTime
    • 7c79 - prematureCommitment

      “Not enough experience to answer this."

    • 7c79 - personal

      “little experience"

    • 60ba - viscosity

      Befragter spricht von “Funktionalität"

      Die Bedeutung war mir erst unklar.
      Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

      Transkription:
      Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

      Beispiele wahrscheinlich nicht notwendig, ins Straucheln kommt der Anwender aber anscheinend trotzdem, wenn es keine Beispiele gibt.

    • 3ff7 - roleExpressiveness

      Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

    • 3ff7 - proficiency
    • 00c6 - usageDurationUnit
    • 3ff7 - mainPurpose

      Langjähriger sporadischer Gebrauch (Kenntnisse max. solide)

    • 60ba - proficiency

      Langjähriger sporadischer Gebrauch (Kenntnisse max. solide)

    • Motivation

      Gründe sich mit SeqAn auseinanderzusetzen oder damit weiterhin zu arbeiten

      • Kennenlernen / Evaluation

        Eng verwandt mit Helferlein 

        Anwender wollen SeqAn zunächst einmal kennenlernen / machen nicht den Eindruck, ein genaueres Ziel zu verfolgen.

        Studentengefahr!

         

        • af6c - proficiency
        • d3b2 - mainPurpose
        • c547 - usageDurationUnit
        • 3ff7 - typicalProducts

          “kleines Tool"

        • 7c79 - prematureCommitment

          “The two algorithms I tried to implement"

        • Suche nach professioneller Alternative

          Der Anwender hat eine eigenen Sequenzanalyse-Tools entwickelt und testet,
          ob SeqAn ihm dabei helfen kann, sie zu implementieren.

          • 7c79 - typicalProducts

            “tried to implement two algorithms I have created” in Kombination mit 7c79 - similiarSystems 

          • 7c79 - similiarSystems
        • Genome Assembly

          Genome assembly refers to the process of taking a large number of short and putting them back together to create a representation of the original from which the DNA originated.

           

          • a202 - mainPurpose
        • Lernen / Vertiefen für Abschlussarbeit
          • eb6d - mainPurpose
          • 3ff7 - mainPurpose
      • Produktbedingte Erwartung

        Erwartung, die durch Produkt / -beschreibung beim Anwender entsteht

        • Libraryerwartung

          Erwartung geweckt durch SeqAn-Beschreibung als Library.

          Mündliches Gespräch mit Spanierin (Workshop’12 - nach Gruppendiskussion)
          Sie hat schon immer Make-Files benutzt und versteht nicht, weshalb sie ihr Build-System wegen einer Library umstellen soll.

          Mündliches Gespräche mit Johannes (Workshop’12):
          Nutzt bereits größeres Make-Projekt. Umstellung kommt nicht in Frage, da zu aufwändig.

          Details siehe Framework vs. Library 

        • Mächtigkeitserwartung

          Anfänger loben den Funktionsumfang von SeqAn.
          Mit SeqAn würde man viel gekapselte Funktionalität erhalten.

          Die reale Beobachtung dazu ist: Mächtigkeit 
          Doku hilft am besten, Kluft zwischen Mächtigkeitseindruck und Mächtigkeit der API zu überwinden. citep{Robillard:2009cs}

          Orthogonal: Performanceeindruck 

          • c547 - learningStyle
        • Benutzerfreundlichkeitserwartung

          ~ wird mehr oder minder explizit als eine Erwartung formuliert.

          - bei d3b2 - learningStyle zum Beispiel wird ein einfacher Einstieg angenommen (suggeriert durch Dokumentation und Website)

          • 7c79 - roleExpressiveness

            Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

            Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

            Beispiel: Metafunktionen 

            Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

            "For me, this is extremely un-intuitive"

          • d3b2 - provisionality
          • d3b2 - learningStyle
        • Performanceerwartung

          Anwender (insb. Anfänger) glauben von SeqAn, es sei effizient - schnell.

          Das kann als Motivation dienen (wenn nicht sogar die Motivation), SeqAn einzusetzen:

          • "Once I would see that the algorithm works, I'd consider moving to SeqAn for speed.” 7c79 - provisionality

          Die reale Beobachtung dazu ist: Performance 

          Orthogonal zu: Mächtigkeitseindruck 

          • 7c79 - workStepUnit

            "seem to be extremely efficient"

          • 7c79 - provisionality

            “I’d consider moving to SeqAn for speed."

        • Paradigmenerwartung

          Erwartung, die aus der Paradigmatische Prägung (C++, Java, C++-Anfänger)  und der SeqAn-Beschreibung resultiert. Details siehe Inkonsistenzen bzgl. STL 

          "Vergewaltigung der OO-Programmierung” https://github.com/bkahlert/seqan-research/blob/master/raw/workshop11/workshop2011-data-20110925/_survey.csv#L8 

          7I: "If SeqAn … had the same way of doing things l... 

      • Produktspezifisches Feature

        Tatsächliches Feature, dass die weitere Verwendung des Produkts fördert / motiviert

        • Mächtigkeit

          Ziel von Gogol: Erweiterbarkeit (die ja dann zur Mächtigkeit führt)

          Anwender loben / stellen heraus die Mächtigkeit von SeqAn.
          Also die Funktionsbreite (was man damit alles tun kann).

          Die entspr. Erwartung ist:  Mächtigkeitseindruck  

          “Algorithmen und Datenstrukturen bei Entwicklung von effizienten Programmen” 60ba - mainPurpose 

          Orthogonal zu:  Performance  

          • 7c79 - workStepUnit

            “a lot”, “the implemented alignment and search algorithms"

          • 60ba - mainPurpose
          • Generizität
            • aba9 - abstractionLevel
            • a202 - prematureCommitment
          • IO

            “laden von GTF files” 3ff7 - workStepUnit 

            • 3ff7 - workStepUnit
          • Alignment
            • 3ff7 - workStepUnit
            • a202 - mainPurpose
        • Performance
          • “vergleichbares sucht man lange”  60ba - similiarSystems
          • "extremely efficient”   7c79 - workStepUnit
          • “[Ziel: Implementierung einer] effiziente[n] Applikation” 60ba - mainPurpose

          Die entspr. Erwartung ist:  Performanceeindruck  
          Dort sind auch Zitate als Beleg zu finden.

          Schlechte Usability von Teilnehmer (z.B. 7i: understandable because of performance reasons) wegen Performance zwar als nachvollziehbar aber nicht als akzeptabel beschrieben. z.B. “SeqAn is completely different way of doing mostly the same thing” 7i: "SeqAn is a completely different way of doing ... 

          Orthogonal:  Mächtigkeit  

          • 60ba - typicalProducts

            Arbeitet seit 4 Jahren mit SeqAn - weiß also, wovon er spricht

          • 60ba - similiarSystems
          • 60ba - mainPurpose
          • 7c79 - provisionality

            “I’d consider moving to SeqAn for speed."

          • 7I: understandable because of performance reasons
    • Tätigkeitsbereich
    • SeqAn-Anwendungskompetenz

      Wie fähig und sicher ist der Anwender im Gebrauch von SeqAn?

      Wiedergabe (Tutorials) (~ Bloom 1-2)

      Einfachstes SeqAn-Verständnis.

      Typischer Indikator: Benutzer arbeiten einfach das Tutorial ab.

      Entspricht ungefähr remember / understand nach Revision of Bloom‚ Taxonomy of Educational Objectives http://www.celt.iast...

      Einfach (~ Bloom 3-4)

      Mitten im Verständnis-Prozess.

      Indikator:

      • Anwender experimentiert rum
      • orientiert sich nicht mehr hauptsächlich am Tutorial
      • Vorlage bildet existierender Code

      Entspricht ungefähr apply / analyze nach Revision of Bloom‚ Taxonomy of Educational Objectives http://www.celt.iast...

      Sehr kritischer Punkt, wenn Leute über die Wiedergabe hinweg gekommen sind: Hier wird erstmal eigener Code geschrieben. Gelingt dies nicht, ist das sehr frustrierend.

      Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) 

      Viel Rumprobieren ebenfalls in Letondal bei Bioinformatikern beobachtet - allerdings hätte das kaum den Verständnisprozess gefördert, sondern viele Anwender sind in der Herumprobieren, bis es passt-Phase verblieben cite{Letondal:2006dy}

      Allgemeines EUSE-Problem: Ko:2011el

      Komplex (~ Bloom 5-6)

      Anwender beherrscht SeqAn ausreichend, um eigenen Code zu schreiben.

      Indikator:

      • Keine strenge Orientierung an existierenden Code (insb. Tutorials)
      • Lösung eines selbst formulierten Problems.

      Entspricht ungefähr evaluate / create nach http://www.celt.iastate.edu/teaching-resources/effective-practice/revised-blooms-taxonomy/ Revision of Bloom’s Taxonomy of Educational Objectives

    • Paradigmatische Prägung

      In welcher Sprache fühlt sich der Anwender zu Hause?

      C++

      Anwender hat einen C++-Hintergrund, was auf Erfahrungen im Umgang mit STL vermuten lässt.
      Auch wenn unmittelbar von STL als Erfahrung gesprochen wird, wird dieser Code angewendet, da davon auszugehen ist, dass nicht die STL, sondern C++ im Allgemeinen gemeint ist.

      C++-Anfänger haben einen separaten Code, denn bei Ihnen kann man nicht von einem Hintergrund sprechen. 

      C++ schwerer zu lernen als Java citep{zibran2008makes}

      Java / OOP

      Anwender einen Hintergrund mit einer auf OOP basierten Programmiersprache wie Java.

      Etwa die Hälfte der Gruppendiskussionsteilnehmer

    • Arbeitsstil

      Verwendung von Personas citep{Pruitt:2003ki} nach cite{Stylos:2007jb} sehr gut geeignet für API-Usability-Eval citep{Rosson:2007ip}

      Eine Erklärungspremisse: ``Page 2 when given the choice, people tend to follow the path of least resistance.'' cite{Ko:2005cl}

      Opportunistisch

      Letondal, C. (2006). Participatory Programming: Developing Programmable Bioinformatics Tools for End-Users. In End User Development (Vol. 9, pp. 207?242). Dordrecht: Springer Netherlands. doi:10.1007/1-4020-5386-X_10
      Häufig beobachtet, mit dem Kopf durch die Wand - nur das Ziel vor Augen. Kein systematischer Zugang. End User Programmer eben

      Teilnehmer Alien: "I just don't see the difference between St... (grounding Ununterscheidbarkeit von Typen) wusste auch nach Workshop die Antwort nicht, hat aber Datentyp verwendet.

       

      Eine Erklärungspremisse: ``Page 2 when given the choice, people tend to follow the path of least resistance.'' cite{Ko:2005cl}

    • SeqAn-Einsatzform

      Wie wird technisch SeqAn eingesetzt?

      Ausdifferenzierung angesichts des Grounding zu interpretativ.

      • Helferlein

        Entwickler lernen SeqAn und sehen als Einsatzzweck die Entwicklung von persistenten Tools,
        die insbesondere IO- (SAM/BAM) und NGS-Funktionalität benutzt.

        Möglicherweise wurde das aber auch nur aus Unwissenheit angegeben bzw. weil sie von Knut zum Workshop gedrängt wurden. 

        Interessanterweise betonen bibtext://Ko:2011el The State of the Art in End-User Software Engineering  wie unsorgfältig und leichtgläubig Software von End Usern entwickelt wird, auch wenn sie dann (von anderen!) wiederverwendet werden.

        • aba9 - typicalProducts
        • Tool-Entwicklung innerhalb einer Pipeline
          • 3ff7 - typicalProducts

            Gehört nicht nach Kennenlernen / Evaluation weil Anwender schon zu lange mit SeqAn arbeitet.

      • Langjährige stabile Anwendungsentwicklung

        SeqAn wird seit mehreren Jahren verwendet, um regelmäßig verwendete Anwendungen zu entwickeln.
        Dabei entsteht eine Standalone-Anwendung, die sich unter anderem oder auch im großen Umfang auf SeqAn stützt.

        • 00c6

          7 Jahre Anwendungsentwicklung mit SeqAn

    • Library-Vorerfahrung
  • Usability-Probleme

    Weitgehend gruppiert nach citep{Grill:2012jm}

    • Produktbedingte Erwartungskonformitätsprobleme

      NICHT GRILL, eigentlich Eigenschaft für alle Probleme.

      Separat gegliedert, um Theorie zu vereinfachen

      Umfasst Probleme, die nicht auf eine allgemeine - nicht näher spezifizierte - Erwartung zurück gehen, sondern auf durch das Produkt bzw. dessen Beschreibung geweckt wurden.

      • Projektorganisation

        SeqAn ist organisiert in Form von Core, Extras und Sandbox.

        Erstellung innerhalb von Framework NUR mittels .py-Script

        Nach Bereinigung der forward declarations endlich auch als .h-Datei nutzbar mit minimalem Skelett / Hello World-Beispiel

      • Inkonsistenzen bzgl. OOP
        • "not comparable to the Java API"
      • Inkonsistenzen bzgl. STL

        SeqAns API entspricht nicht den Erwartungen der Anwender. Sie bemängeln, dass die API nicht wie die STL ist.

        Obwohl STL auf Template-basiert ist. 7i: STL is templatized (“main issue”, “expected to...

        Genial! Wurde nur in Gruppendiskussion ermittelt. Vorteil der breiten Datenerhebung!

        Unterschied	Quelle	STL	SeqAn
        Rückgabetyp	René Rahn Kuchenbecker: Return values missing, (28:23)	immer gleich	variabel Vorschlag von Kuchenbecker: Return values missing, (28:23) : Sollten separat dargestellt werden; ebenso Kuchenbecker: If there information not always true... da sich Verhalten stark unterscheiden kann.
        Iterator-Syntax	Manuel Holtgrewe René Rahn  Arbeit mit Iteratoren http://www.cprogramming.com/tutorial/stl/iterators.html  7i: terators also members	MyType::Iterator	Iterator<MyType> Achtung! Iterator ist Metafunktion Klasse ist Iter Aber: Implementierungen haben das Namensschema TypeIterator, also z.B. Dna5Iterator und hatte bessere Auffindbarkeit in Doku als Iterator
        Iterator-Modifikation	7i: Modification of iterators in very intuitive	it + 2	it = begin(it) goNext(it) goNext(it)
        Member-Funktionen	7i: terators also members  http://www.cprogramming.com/tutorial/stl/iterators.html  Effective STL: 50 specific ways to improve your use of the standard template library bibtex://Meyers:2001...	nur sehr wenige Ausnahmen; praktisch immer global	die meisten als Member implementiert

        • Meyers, S. D. (1998). Effective C++: 50 specific ways to improve your programs and designs. Addison-Wesley. bibtex://meyers1998e...
        • 7I: main issue: "SeqAn is not like the Standard Te...
        • 7I: containers, …, …, "You expect to have all thes...
        • 7I: terators also members
        • 7I: Modification of iterators in very intuitive
        • 7I: "SeqAn is a completely different way of doing ...
        • “that’s my main point (problem)”
        • 7I: "If SeqAn … had the same way of doing things l...
        • “you don’t have to learn all the iterators and stu...
        • 7I: STL is templatized (“main issue”, “expected to...
        • KB: “not clear why you have to go through all this...
        • AL: "Also a little bit of inconsequent" (9:47)
        • KB: If there information not always true since the...
        • other: agrees, functions with same name can act ve...
        • "Would be easier if you just had two pages [instea...
        • around half of the people
    • Strukturprobleme
      • Sprachentitätstypen

        Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

        Def.: Vom Anwender im Rahmen von Bottom-Up-Verstehen segmentierte Einheiten (cite{Pennington:1987dc}), die im Gegensatz zu syntaktischen Elementen, semantischer Natur sind. Also: Variablen, Funktionen, etc. aber nicht Schleifen, If/Else,.

        Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

        Beispiel: Metafunktionen  — Iterator it != Iterator<X> (ersteres ist Klasse, zweites ist Metafiktion)

        Vielleicht sogar nur Templatemetaprogrammierung  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

        Erstaunlich: Außer dem Begriff “Metafunktion” fallen keine anderen LET-Bezeichnungen. Ausdruck von mangelndem Verständnis, der auch stets zu beobachten ist. 

        Wichtig: Label in Doku wichtig. citep{Monperrus:2011bf}

        Muss erklärt werden! Auch wenn SeqAn-Entwickler die Kenntnisse voraussetzen, denn existenziell wichtige Begriffe müssen erklärt werden --- unabhängig von den angenommenen Vorkenntnissen der Anwender. citep{Jeong:kf}

         

        • 60ba - viscosity

          Befragter spricht von “Funktionalität"

          Die Bedeutung war mir erst unklar.
          Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

          Transkription:
          Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

          Konstrukte = LET

        • 60ba - hardMentalOperations

          Paraphrase: Unbekannte LET erschweren meine Programmentwicklung

          Unbekannt, von welchen “Konzepten” und “Konstrukturen” die Rede ist.

        • 7c79 - roleExpressiveness

          Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

          Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

          Beispiel: Metafunktionen 

          Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

          "why in a particular place a particular form or variant or an idiom is used in place of another one."

        • 7c79 - personal
        • AL: If you have a metafunction and this double col...
      • Funktionsbezogene Probleme
        • Fehlende Funktionskategorisierung

          Wie sind Funktionen kategorisiert?

          Funktionen sind nicht kategorisiert.

          Die Zugehörigkeit mancher Funktionen im Quelltext wie length oder value kann nicht problemlos erkannt werden, wenn es diese überhaupt gibt.

          citep{Stylos:2008jt} sprechen von “method ownership”
          Kritisch: semantisch liegt method ownership vor, aber nicht mehr technisch

          length hat tatsächlich keine Zugehörigkeit. Sie akzeptiert jedes Element und gibt im Zweifel 1 zurück.

          Möglichkeiten

          Kategorie kann aufgabenbezogen (Quelle suchen!) oder subjektbezogen sein.

          Beispiel: Aufgabenbezogen = Sequenzanalyse, Subjektbezogen: Sequenz

          In OOP typischen Kategorisierungsinstrument: Klasse

          • aba9 - roleExpressiveness

            “Was eine Funktion tut, erkennt man nur schwer, weil man nicht sieht, wozu sie gehören. Davon hängt ab, was sie tun."

          • AL: "members of the objects are not listed"
          • 7I: "all the functions that act on a class you don...
          • you can't tell which global functions act on a cla...
          • it's the idea behind the members - that they belon...
          • in the documentation there is this kind of informa...
        • Identifikation relevanter Funktionen

          Welche Funktionen stehen mir zur Verfügung?

          Anfänger beschreiben, dass Sie anfänglich nicht wissen, welche Funktionen ans Ziel führen / helfen?

          Mögliche Ursachen: Vocabulary Problem , Online-Dokumentation (Verbessert, Confusing) , (auch: Starter Object )

          Ist immer mit viel Zeitaufwand verbunden!!!

          Stand:

          Fehlende Funktionskategorisierung  ist Ursache für Probleme bei der Identifikation relevanter Funktionen

          Behebung vom Identifikationsproblem:

          Neben einer Funktionskategorisierung kann das auch eine sehr gute Suchfunktion sein.

          Grundsätzlich:

          Diese Information liegt vor, sie wird in der technischen Implementierung aber nicht abgebildet, sondern nur in der Doku.

          in the documentation there is this kind of informa... (z.B. String.length)

          • aba9 - workStepUnit
          • 60ba - progressiveEvaluation

            wenig Bezug zur Frage; hat sich eher das Herz ausgeschüttet

          • 3ff7 - roleExpressiveness

            Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

          • c547 - hardMentalOperations

            Verschiedene Lesarten:

            1. Ich muss mich erst an die vorhandene Funktionalität gewöhnen.

            2. Ich muss erst verstehen, welchen Funktionen überhaupt bereit stehen.

          • AL: "members of the objects are not listed"
          • 7I: "all the functions that act on a class you don...
          • it's the idea behind the members - that they belon...
          • you can't tell which global functions act on a cla...
          • in the documentation there is this kind of informa...
          • Arbeit mit Iteratoren

            Die Arbeit mit Iteratoren erfordert mehr Code als die Anwender erwarten.

            Gründe:

            wenig Erfahrung mit Iteratoren allgmein (mangelnde Sprachkenntnisse)

            STL-Differenzen

            Kein Überblick in Doku zu verfügbaren Funktionen, die Iteratoren zur Verfügung stehen,
            denn Iterator ist “nur” eine Member Metafunktion, d.h. sie wird nur bei Konzepten als Doku-Eintrag dargestellt unter verfügbaren Member Metafunktionen.
            Eine eigenständige Metafunction-Seite für Iterator existiert nicht.
            Mögliche Operationen müssen daher unter der zurückgegebenen Klasse herausbekommen werden, deren Namen man erraten muss, da auch dieser Name in der Doku nicht genannt wird.

            • 3ff7 - workStepUnit
        • Funktionszweckunerkennbarkeit

          Macht die Funktion jetzt X oder Y?

          oder: 2 Funktionen brauchen auch 2 Namen

          Das Verhalten / der Zweck einer Funktion kann nicht erkannt werden.

          Warum? Weil die Funktionen nicht kategorisiert sind und somit nicht das primary/starter object erkennbar ist.

          Beispiel:

          TInfix label(frag, stringSet, seqID);

          http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=Fragment#Fragment%23label

          TAlphabet label(it);

          http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=OutEdgeIterator#OutEdgeIterator%23label 

          Fehler werden vornehmlich von Anfängern / Workshop-Besuchern gemeldet

          • aba9 - roleExpressiveness

            “Was eine Funktion tut, erkennt man nur schwer, weil man nicht sieht, wozu sie gehören. Davon hängt ab, was sie tun."

          • 7c79 - consistency
          • other: agrees, functions with same name can act ve...
        • Funktionsgebrauch

          Wie verwende ich diese Funktion?

          Wenn man weiß, welche Funktion hilft aber nicht, wie diese anzuwenden ist, stellt das ein Problem dar.

          Mögliche Ursachen:

          • Template Programming 

          Weitere Formen / Teil-Bestandteile:

          • Metafunktionen 

          Konsequenz: Mangelnde Persistenz 

          • 60ba - progressiveEvaluation

            wenig Bezug zur Frage; hat sich eher das Herz ausgeschüttet

          • 60ba - viscosity

            Befragter spricht von “Funktionalität"

            Die Bedeutung war mir erst unklar.
            Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

            Transkription:
            Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

            “Funktionalitaet mancher Konstruke zu ergründen ist"

          • 7c79 - errorProneness

            “calling incorrect variant of a function"

          • Uneindeutige Signaturbeschreibung

            Funktionen wie globalAlignment (http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=globalAlignment) haben mehrere Signaturen.
            Den Anwendern fällt es schwer, die anzuwendene zu identifizieren.

            

            • 3ff7 - roleExpressiveness

              Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

          • Iteratorengebrauch
            • a202 - roleExpressiveness

              Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

              ​“nicht weiß, ob der Iterator bewegt wird oder ein neuer erzeugt"

          • Komplizierte Konstruktion von Typen

            Der Typ vor der Variable herauszufinden (z.B. bei Rückgaben) ist schwierig.

            “makes me feel stupid"

          • Fehleranfälliges Setzen von Template-Parametern

            7c79 sagt, das führt manchmal dazu, dass eine falsche Variante ausgeführt wird

            Die möglichen Tags werden praktisch nie dokumentiert. Höchstens die Standardbelegung (wenn es überhaupt eine gibt).

            Siehe http://docs.seqan.de/seqan/develop/class_StringSet.html, alien: StringSets - different types of StringSets ... 

            Möglche Lösung: IDE-Support unterstützen possible solution: enrich the documentation to all... 

            • 3ff7 - errorProneness
            • 7c79 - errorProneness

              “due to incorrect types”, “incorrect variant of a function"

            • AL: StringSets - different types of StringSets wit...
            • possible solution: enrich the documentation to all...
          • Typing

            Template Programming erschwert das Problem der Typisierung

            • Typen-Deklarationen für Variablen werden von Metafunktionen berechnet
            • Type-Castings müssen evtl. berechnet werden
            • Template-Parameter sind schwer zu setzen (siehe Fehleranfälliges Setzen von Template-Parametern  )

            “extremely messy”  7c79 - workStepUnit  
            allerhand Zitate in den Phänomenen

            Ursache für zu geringe Work-Step Unit / Verbosität (Groß, Mittel, Gering)   (“lot of overhead”,  7c79 - workStepUnit )

            "Yep, SeqAn makes me feel stupid. Example: using incorrect type and calling incorrect variant of a function.”  7c79 - errorProneness  

            "require me to spend time on getting type casting right.“  7c79 - provisionality  

            “Das erstellen der richtigen Typen mit Hilge von Metafunktionen kann sehr kompliziert sein.”  3ff7 - hardMentalOperations  

            • 7c79 - viscosity

              “you need to take care of types, type casting, […] etc."

            • 7c79 - workStepUnit

              “typing / templates seem to be extremely messy"

            • 7c79 - hardMentalOperations

              Stichpunktartige Paraphrase:

              - remembering complicated

              -- many templates

              -- many variants of types

              -- many variants of templates

              - difference unclear

              -- e.g. Dna5 and Dna5String

               

              Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

              Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

              Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

              Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

              Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

              “many variants of types and templates"

              > Typing
              ~ umfasst nämlich Metafunctionsaufrund die Angabe von Typen

            • 7c79 - errorProneness

              “incorrect types”, “using incorrect type"

            • 7c79 - provisionality

              " require me to spend time on getting type casting right"

            • 7c79 - prematureCommitment

              “Problems with types"

            • 7c79 - learningStyle

              S4 = Advanced OOP system in R

              BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

              “it was easier for me to understand S4 programming framework in R or how BWT works than to figure out what how to cast a variable to its correct type"

            • 3ff7 - provisionality

              Mit Ein- u. Ausgabe sind im Kontext seiner anderen Worten nicht I/O sondern die Vewendung von Metafunktionen bzw Typisierung gemeint
               

            • 3ff7 - prematureCommitment

              Sehr wahrscheinlich probiert der Anwender “wild” rum.

            • 3ff7 - hardMentalOperations

              Besonders relevant, da User seit 4 Jahren

            • 3ff7 - errorProneness
          • Versteckte Abhängigkeiten

            Problem: Es gibt keine direkte setX-Methode sondern die Konfiguration findet mit einem separaten Config- oder Options-Objekt statt, was API-Anwender sehr schwer fällt herauszubekommen. cite{Stylos:2008jt}

            Liegt bei AlignConfig vor. (Es sei denn, Doku ist klar und wird von Anwendern verstanden.) 

             

        • Funktionsweise

          Was macht die Funktion (intern)?

          Die Funktionsweise - also was tut die Funktion - einer Funktion ist nicht selbsterklärend bzw. es bestehen Unsicherheiten.

          • a202 - roleExpressiveness

            Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

            “Das fällt mir in der Tat noch recht schwer."

            "z.B. nicht weiß, ob der Iterator bewegt wird oder ein neuer erzeugt, usw."

          • a202 - workStepUnit
          • Work-Step Unit / Verbosität

            Groß

            Es passt erstaunlich viel in eine Code-Zeile.
            ähnelt etwas Mächtigkeitseindruck und Performance 

            Anfänger

            Erschwert a202 - workStepUnit und 7c79 - workStepUnit das Verständnis (wahrscheinlich wegen Metafunktionen ) - klein bevorzugt.

            Tenor: Anfänger wünschen sich mehr Transparenz und eine geringere Work-Stop Unit.

            Beispiel: Versteckte Parameterübergabe , Ununterscheidbarkeit von Typen (möchte Implementierungsdetails kennen)

            Erfahrene Entwickler

            Wünschen sich große Work-Step Unit Work-Step Unit auffällig gering.

            3ff7 - workStepUnit hält sie bei IO für positiv. Bei Iteratoren für zu klein (also: zu viel Zeilen für zu wenig Ergebnis).

            Z.B. 3ff7 - workStepUnit (verbose Iteratoren)
            Z.B. 7c79 - workStepUnit  (Typing “overhead")

            Tenor: Erfahrene mögen  keinen aufblähten Code, wenn das auf rein technische Gründe zurück geht. 

            • d3b2 - workStepUnit
            • a202 - workStepUnit
            • eb6d - workStepUnit
            • 3ff7 - workStepUnit
            • 7c79 - workStepUnit

              "a lot"

              Mit efficient scheint hier auch die Implementierung- und nicht nur die Laufzeit gemeint zu sein.

            • 60ba - workStepUnit

              “eher wenig [nowendiger Code]"

            • AL: Problem occurred in the index tutorial
            • Sichtbarmachung der Implementierung

              ~ sind API-Bestandteile, von denen der Anwender keine Kenntnis haben muss.

              Bei APIs geht es darum, wie sie Funktionalität zur Verfügung stellt, nicht wie sie implementiert ist. citep{Conway:2005va}

              Auch schlecht nach citep{Piccioni:2013uq,Bloch:2006jk}.

              Nicht zu Verwechseln mit "Incorrect Visibility" (z.B. durch public/private) citep{Zibran:2011fx}!

              Mangelnde Abstraktion darf nicht aus Faultheit in Kauf genommen werden. citep{Henning:2007kg}

              Beispiel 1 

              Alien: Problem occurred in the index tutorial   hat konkret die Arbeit mit  Index  ,  hash  und  getOccurrences  gemeint:

              1. Problem: hash ist ein SeqAn-Implementierungsdetail, das den Anwender nichts angeht.
              • hash speichert Ergebnis in seiner Eingabe
              • getOccurrences verwendet erhält keinen expliziten hash-Parameter (“CAT”), sondern erhält dieses über ein anderes Objekt,
                in dem dieser Parameter bereits vorliegt (“indexShape(index”)
              • Lösung: getOccurrences muss hash indirekt aufrufen
                Alternativlösung:  Versteckte Parameterübergabe  

              Quelle:   http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/IndexQGram.html   (wichtig in  Fett )

              

               

              int main()
              {
                  typedef Index<DnaString, IndexQGram<UngappedShape<3> > > TIndex;
                  TIndex index("CATGATTACATA");

                  hash(indexShape(index), "CAT");
                  for (unsigned i = 0; i < length(getOccurrences(index, indexShape(index))); ++i)
                      std::cout << getOccurrences(index, indexShape(index))[i] << std::endl;
              
                  return 0;
              }

               

               

              Beispiel 2:

              

               

              Hier muss die interne Struktur von Align verändert werden (erst resize + 2 assignSource), was zu einem inkonsistenten Zustand des Objekts führen kann. Hier werden einfachste Einsichten der SE ignoriert. Nämlich dass es explizite Init-Phasen geben muss, die eine Invariante zur Folge haben.

              • ``p.506: Keep APIs free of implementations details. -- Highlighted 30.07.2013'' bzgl. des entsprechenden Codes und der damit verbundenen Lösung citep{Bloch:2006jk} ``An API should be minimal, without imposing undue inconvenience on the caller.'' citep{Henning:2007kg}
              • Ähnliches auch von citep{Bloch:2006jk}
              • Wichtigkeit: ``Today, open source is available for almost every imaginable kind of reusable functionality. As a result, the process of creating software has changed considerably: instead of creating functionality, much of today’s software engineering is about integrating existing functionality or about repackaging it in some way. To put it differently: API design today is much more important than it was 20 years ago, not only because we are designing more APIs, but also because these APIs tend to provide access to much richer and more complex func- tionality than they used to.'' citep{Henning:2007kg}
            • Nicht-atomare Initialisierung

              Die Angabe von redundanten Informationen kann dazu, dass Objekte nicht korrekt initialisiert werden, weil die Initialisierung in Einzelschritten dem Anwender aufgebürdet wird (siehe Align-Beispiel in Sichtbarmachung der Implementierung )

            • Non-Atomarität

              ~ bedeutet, dass Anwender filigranere Entscheidungen treffen müssen, als notwendig wäre.

              Beispiele:

              • Erst den hash berechnen, bevor man getOccurences aufrufen kann.
              • Manuelle Initialisierung
            • AL: "I just don't see the difference between Strin...
            • "I think it's easier if you have in mind the struc...
            • Shortcuts

              Werden verständlicher mit existierendem   Fehlendes Benennungschema

              Design-Feature von citep{GogolDoring:2009vz} zur besseren Usability

              “I don’t like Shortcuts” 

              “If you read Peptide it makes you think that it’s more than a shortcut.”  7i: If you read Peptide it makes you think that it...  

              (weitere Zitate siehe Citations)

              Stimmungsbild klar: Shortcuts nerven. Shortcuts kann man selber deklarieren. Shortcuts täuschen eine Komplexität vor, die es nicht gibt.

              Wenn dann, technisch.

              0 Leute für Domänen

            • Arbeit mit Iteratoren

              Die Arbeit mit Iteratoren erfordert mehr Code als die Anwender erwarten.

              Gründe:

              wenig Erfahrung mit Iteratoren allgmein (mangelnde Sprachkenntnisse)

              STL-Differenzen

              Kein Überblick in Doku zu verfügbaren Funktionen, die Iteratoren zur Verfügung stehen,
              denn Iterator ist “nur” eine Member Metafunktion, d.h. sie wird nur bei Konzepten als Doku-Eintrag dargestellt unter verfügbaren Member Metafunktionen.
              Eine eigenständige Metafunction-Seite für Iterator existiert nicht.
              Mögliche Operationen müssen daher unter der zurückgegebenen Klasse herausbekommen werden, deren Namen man erraten muss, da auch dieser Name in der Doku nicht genannt wird.

            • Non-Atomarität

              ~ bedeutet, dass Anwender filigranere Entscheidungen treffen müssen, als notwendig wäre.

              Beispiele:

              • Erst den hash berechnen, bevor man getOccurences aufrufen kann.
              • Manuelle Initialisierung
              • Sichtbarmachung der Implementierung

                ~ sind API-Bestandteile, von denen der Anwender keine Kenntnis haben muss.

                Bei APIs geht es darum, wie sie Funktionalität zur Verfügung stellt, nicht wie sie implementiert ist. citep{Conway:2005va}

                Auch schlecht nach citep{Piccioni:2013uq,Bloch:2006jk}.

                Nicht zu Verwechseln mit "Incorrect Visibility" (z.B. durch public/private) citep{Zibran:2011fx}!

                Mangelnde Abstraktion darf nicht aus Faultheit in Kauf genommen werden. citep{Henning:2007kg}

                Beispiel 1 

                Alien: Problem occurred in the index tutorial   hat konkret die Arbeit mit  Index  ,  hash  und  getOccurrences  gemeint:

                1. Problem: hash ist ein SeqAn-Implementierungsdetail, das den Anwender nichts angeht.
                • hash speichert Ergebnis in seiner Eingabe
                • getOccurrences verwendet erhält keinen expliziten hash-Parameter (“CAT”), sondern erhält dieses über ein anderes Objekt,
                  in dem dieser Parameter bereits vorliegt (“indexShape(index”)
                • Lösung: getOccurrences muss hash indirekt aufrufen
                  Alternativlösung:  Versteckte Parameterübergabe  

                Quelle:   http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/IndexQGram.html   (wichtig in  Fett )

                

                 

                int main()
                {
                    typedef Index<DnaString, IndexQGram<UngappedShape<3> > > TIndex;
                    TIndex index("CATGATTACATA");

                    hash(indexShape(index), "CAT");
                    for (unsigned i = 0; i < length(getOccurrences(index, indexShape(index))); ++i)
                        std::cout << getOccurrences(index, indexShape(index))[i] << std::endl;
                
                    return 0;
                }

                 

                 

                Beispiel 2:

                

                 

                Hier muss die interne Struktur von Align verändert werden (erst resize + 2 assignSource), was zu einem inkonsistenten Zustand des Objekts führen kann. Hier werden einfachste Einsichten der SE ignoriert. Nämlich dass es explizite Init-Phasen geben muss, die eine Invariante zur Folge haben.

                • ``p.506: Keep APIs free of implementations details. -- Highlighted 30.07.2013'' bzgl. des entsprechenden Codes und der damit verbundenen Lösung citep{Bloch:2006jk} ``An API should be minimal, without imposing undue inconvenience on the caller.'' citep{Henning:2007kg}
                • Ähnliches auch von citep{Bloch:2006jk}
                • Wichtigkeit: ``Today, open source is available for almost every imaginable kind of reusable functionality. As a result, the process of creating software has changed considerably: instead of creating functionality, much of today’s software engineering is about integrating existing functionality or about repackaging it in some way. To put it differently: API design today is much more important than it was 20 years ago, not only because we are designing more APIs, but also because these APIs tend to provide access to much richer and more complex func- tionality than they used to.'' citep{Henning:2007kg}
                • AL: Problem occurred in the index tutorial
                • ERROR

                  

              • Nicht-atomare Initialisierung

                Die Angabe von redundanten Informationen kann dazu, dass Objekte nicht korrekt initialisiert werden, weil die Initialisierung in Einzelschritten dem Anwender aufgebürdet wird (siehe Align-Beispiel in Sichtbarmachung der Implementierung )

                • ERROR

                  

      • Benennungsprobleme
        1. 1 Funktion - zwei Namen (infix substring), substring vs. infix , 
        2. 2 Funktionen - ein Name (globale Funktionen), Global Interface 
        3. Technisch vs. Fachlich  
        4. Fachliche Inkorrektheit: Dna als Aufzählungstyp oder als Sequenz (also: String<Dna>)

        Beeinflusst Usability citep{zibran2008makes}

        Sinnvolle Benennung verbessert das Verständnis sowohl von weniger als auch viel erfahrenen Programmierern und fremden Quellcode citep{Crosby02theroles}

        Klasse muss groß anfangen citep{zibran2008makes}

        Soll nah an Anwendungsdomäne sein citep{BenShneiderman:gn}
        ABER: Was ist, wenn Anwendungsdomäne fachübergreifend ist? String<AminoAcid> oder Peptide? (aber auch CRUD aus dem Datenbankbereich)

        • Funktionszweckunerkennbarkeit

          Macht die Funktion jetzt X oder Y?

          oder: 2 Funktionen brauchen auch 2 Namen

          Das Verhalten / der Zweck einer Funktion kann nicht erkannt werden.

          Warum? Weil die Funktionen nicht kategorisiert sind und somit nicht das primary/starter object erkennbar ist.

          Beispiel:

          TInfix label(frag, stringSet, seqID);

          http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=Fragment#Fragment%23label

          TAlphabet label(it);

          http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=OutEdgeIterator#OutEdgeIterator%23label 

          Fehler werden vornehmlich von Anfängern / Workshop-Besuchern gemeldet

        • 7c79 - abstractionLevel

          Leider keinen Schimmer, was genau er nicht mag.

          Die nicht-unterscheibdaren Namen?
          Technisch vs. Domäne?
          ...

        • Fehlendes Benennungschema

          Unterschied zwischen Dna5 und Dna5String unklar.

          Entweder fehlt die Erklärung des Benennungsschemas und letzteres existiert gar nicht.

          Weitere Beispiele könnten auch sein String<String> und StringSet.

          Wäre es da würde es folgendes tun:

          Shortcuts erklärt und erkennbar gemacht, also dessen Role Expressiveness (Unzuverlässig) erhöht

        • Synonyme / Redundanz

          Shortcuts erzeugen Redundanzen und nerven

          Z.B. String<Dna> und DnaString

          Von GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it... “it’s just stupid”, “what’s the difference?!"

          Von “everyone you needs a shortcut would just define h... (grounding Synonyme / Redundanz) als unnötig angesehen. Kann man selbst erstellen, wenn man das für notwendig hält. (großer Teil (der was sagte) stimmte in Diskussion zu)

          • "I think it's easier if you have in mind the struc...
          • AL: "I don't like Shortcuts"
          • Why would you need to have shortcuts if you had to...
          • “everyone you needs a shortcut would just define h...
          • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
          • GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it...
          • no predefined typedefs at all: 5/12 (user prefer t...
          • 7c79 - hardMentalOperations

            Stichpunktartige Paraphrase:

            - remembering complicated

            -- many templates

            -- many variants of types

            -- many variants of templates

            - difference unclear

            -- e.g. Dna5 and Dna5String

             

            Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

            Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

            Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

            Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

            Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

        • Abstraktionssuggestion

          Der Name einer Sache suggeriert eine Abstraktion, die es nicht gibt.

          Beispiel: Peptide

          • "I think it's easier if you have in mind the struc...
          • AL: "I don't like Shortcuts"
          • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
        • Ununterscheidbarkeit von Typen

          Ähnliche Typen wie String, StringSet und array (z.B. SuffixArray) können nicht unterschieden werden.

          Ursache: Fehlendes Benennungschema (bereits kodiert)

          Im Unterschied zur Ununterscheidbarkeit von LET geht es hier um die gleiche LET.

          Bei d3b2 - hardMentalOperations scheint es um Container zu gehen.

          Beispiel String<String> vs StringSet

          “I just don’t see the difference between StringSet and String of Strings”, Alien: "I just don't see the difference between St... 

          Gleiche Person:

          - “I opened the documentation [and] just didn’t get the usage of StringSet. What you could do with StringSets you could also have done with String of Strings."

          Antworten von SeqAn-Entwicklern auch nicht deutlich. Ungefähre Zusammenfassung: An manchen Stellen braucht man sie und an manchen nicht unbedingt.

          Aber: Keine Standardempfehlung immer StringSets zu nehmen, denn es gibt auch Ausnahmen. Zumindest wird auf http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/SimpleRnaSeq.html zur Speicherung von Intervallen ein String<String> verwendet, was bei Kuchenbecker: [The latter] is not even true since ...  für Irritationen führt.

          String<String<TInterval> > intervals;

           

          • d3b2 - hardMentalOperations

            Wortlaut: "multiple definitions for strings, string sets and arrays"

            Es gibt zwei Deutungsmöglichkeiten:
            1. Es gibt jeweils für Strings, String Sets und Arrays verschiedene Definitionen (z.B. String<DNA>, String<DNA5>, AllocString<…>)
            2. Der Unterschied zwischen Strings, String Sets und Arrays ist nicht klar zu erkennen.  

          • 7c79 - hardMentalOperations

            Stichpunktartige Paraphrase:

            - remembering complicated

            -- many templates

            -- many variants of types

            -- many variants of templates

            - difference unclear

            -- e.g. Dna5 and Dna5String

             

            Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

            Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

            Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

            Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

            Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

            “difference between say Dna5 and Dna5String"

          • AL: StringSets - different types of StringSets wit...
          • KB: [The latter] is not even true since in some tu...

            http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/SimpleRnaSeq.html 

            

          • AL: "I just don't see the difference between Strin...
          • AL: I opened the documentation of StringSet and th...
          • Other: You can pass arguments to the StringSet lik...
        • Technisch vs. Fachlich

          Kuchenbecker:

          Stört deutlich, dass ein biologischer Term mit einem informatischen Term gemischt wird (Beispiel: Peptide und String<AminoAcid>
          Leichte Variante findet er hingegen gut in Ordnung (String<Dna> vs. DnaString)

          Entsprechend wird AminoAcidString bzw. String<AminoAcid> dem Peptide klar vorgezogen (“as ugly as it sounds you cannot just call it Peptide”, “that would be consistent"

           

          Designziel von Gogol-Döring war, eine DSL ähnliche Sprache zu entwickeln (siehe SeqAn-Buch)

          "Pennington konnte beobachten, dass die Probanden bei der Beschreibung von Prozeduren und des Kontrollflusses mehrheitlich eine technische Terminologie, also Begriff aus der Lösungsdomäne verwendet haben. Hingegen kamen bei der Beschreibungen von funktio- nalen Aspekten vorzugsweise Begriffe aus der Problemdomäne zum Einsatz. Diese Beob- achtung harmonisiert mit dem Situationsmodellbegriff von van Dijk and Kintch (1983), da dieser ja erst die Brücke von der Lösungswelt in die Problemwelt schlägt.” (Diss) ALSO: These: (in Verbindung mit Shaft) Je mehr die Anwender Domänenwissen haben (also aus der Biologie kommen), desto eher erwarten Sie eine Domänensprache. Informatiker eindeutig technisch. Frage: Was präferieren Bioinformatiker?

          • "That a biological term mixed up with computer sci...
          • Should be AminoAcidString, "as ugly as it sounds y...
          • domain-specific: 0
          • generic (technical): 4(?)
          • A string of chars is a CharString and a string of ...
          • String vs. Vector/List
            • HE - Metafunctions apiua://he/metafunct...
          • substring vs. infix

            Verwandt mit Paradigmatische Prägung (C++, Java, C++-Anfänger) verwendet Namenerraten 

             

            • HE - Metafunctions apiua://he/metafunct...
          • String vs. Peptide

            Kann auch suggerieren, dass Peptide mächtiger / mehr wäre, als nur ein String von AminoAcids (was in der Realität ja auch so ist).

            “no no no no” 7i: "no no no no" (when I was saying domain-specif... 

            • HE - Metafunctions apiua://he/metafunct...
            • KB: "That's exactly what I don't find consistent" ...
            • "That a biological term mixed up with computer sci...
            • Should be AminoAcidString, "as ugly as it sounds y...
            • 7I: "no no no no" (when I was saying domain-specif...
            • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
          • Vocabulary Problem
            • The vocabulary problem in human-system communication bibtex://Furnas:1987...
            • Identifikation relevanter Funktionen

              Welche Funktionen stehen mir zur Verfügung?

              Anfänger beschreiben, dass Sie anfänglich nicht wissen, welche Funktionen ans Ziel führen / helfen?

              Mögliche Ursachen: Vocabulary Problem , Online-Dokumentation (Verbessert, Confusing) , (auch: Starter Object )

              Ist immer mit viel Zeitaufwand verbunden!!!

              Stand:

              Fehlende Funktionskategorisierung  ist Ursache für Probleme bei der Identifikation relevanter Funktionen

              Behebung vom Identifikationsproblem:

              Neben einer Funktionskategorisierung kann das auch eine sehr gute Suchfunktion sein.

              Grundsätzlich:

              Diese Information liegt vor, sie wird in der technischen Implementierung aber nicht abgebildet, sondern nur in der Doku.

              in the documentation there is this kind of informa... (z.B. String.length)

            • Ununterscheidbarkeit von Typen

              Ähnliche Typen wie String, StringSet und array (z.B. SuffixArray) können nicht unterschieden werden.

              Ursache: Fehlendes Benennungschema (bereits kodiert)

              Im Unterschied zur Ununterscheidbarkeit von LET geht es hier um die gleiche LET.

              Bei d3b2 - hardMentalOperations scheint es um Container zu gehen.

              Beispiel String<String> vs StringSet

              “I just don’t see the difference between StringSet and String of Strings”, Alien: "I just don't see the difference between St... 

              Gleiche Person:

              - “I opened the documentation [and] just didn’t get the usage of StringSet. What you could do with StringSets you could also have done with String of Strings."

              Antworten von SeqAn-Entwicklern auch nicht deutlich. Ungefähre Zusammenfassung: An manchen Stellen braucht man sie und an manchen nicht unbedingt.

              Aber: Keine Standardempfehlung immer StringSets zu nehmen, denn es gibt auch Ausnahmen. Zumindest wird auf http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/SimpleRnaSeq.html zur Speicherung von Intervallen ein String<String> verwendet, was bei Kuchenbecker: [The latter] is not even true since ...  für Irritationen führt.

              String<String<TInterval> > intervals;

               

        • Fachliche Inkorrektheit

          Ähnliche Typen wie Dna5 und Dna5String können nicht unterschieden werden.

          Bei 7c79 - hardMentalOperations geht es um den Unterschied zwischen atomaren und containerartigen Typen.
          In der Tat müsste Dna5String Dna5 heißen. Und Dna5 müsste der Aufzählungstyp NucleotideN lauten.

          Muss konzeptionell korrekt sein citep{Zibran:2011fx}

          • 7c79 - hardMentalOperations

            Stichpunktartige Paraphrase:

            - remembering complicated

            -- many templates

            -- many variants of types

            -- many variants of templates

            - difference unclear

            -- e.g. Dna5 and Dna5String

             

            Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

            Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

            Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

            Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

            Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

            “many variants of types”, “Dna5 and Dna5String"

        • Benennungsinkonsistenz

          Wenn schon Shortcuts, dann bitte auch konsistent

          • a202 - consistency
          • a202 - abstractionLevel
          • Fehlende Verweise auf Unterklassen (Hoch, Gering)

            ff

            Wahrscheinliche Ursache:
            Die Relation zwischen Klassen (aba9: “Abstrakte Klassen”) und Spezialisierungen (aba9: “Unterklassen”) ist schwierig zu erkennen.

            In DDoc nicht nachvollziehbar. Möglicherweise fehlt das Diagramm bei manchen Klassen.

            

            In Dox gelöst durch explizite Angabe mittels "All Subcl’s”.

            

          • Should be AminoAcidString, "as ugly as it sounds y...
          • A string of chars is a CharString and a string of ...
          • "That would be consistent" (39:10) (KONSISTENZ WIR...
          • getter / setter

            Getter und Setter-Funktionen im Global Interface-Umfeld

            … inkonsistent.

            Beispiel:

            

            Bei Align<…> align; lautet der getter für eine Zeile “row”.

            Hingegen lautet der getter für eine shape “indexShape” (und das liegt nicht an einem Namenskonflikt, “shape” gibt es als Funktion nicht). Stiftet Verwirrung in Verbindung mit Funktionsrückgabenmodifikation , da man der Funktion schon so kaum ihr Rückgabe-Verhalten ansieht.(InBezug auf Programmverständnis).

            Ebenso setter: Normalerweise kann assign verwendet werden. Bei Align (http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/AlignmentRepresentation.html) lautet es hingegen assignSource

            

      • Syntaxprobleme
        • Funktionsrückgabenmodifikation

          In SeqAn gibt es folgende unübliche Konstrukte:

          • Fall 1: a(b) = c
          • Fall 2: a(b(c)), wobei c geändert wird (Beispiel: Versteckte Parameterübergabe )

          Problem: nicht intuitiv / erwartet, nicht konsistent( siehe anderer Code)

          Fall 1: direkt

          infix(myString, 1, 1) = "cgt";

          Macht aus Zeichenkette ATTACGG -> ACGTTTACGG
          http://seqan.readthedocs.org/en/master/Tutorial/Modifiers.html

          Frage zur Behebung in Gruppendiskussion:

          - Klares Votum für mehr Konsistenz (also assign XOR =)
          - Argument für assign von René: Container-Element-Abhängigkeiten können bei assign berücksichtigt werden (müsste doch auch bei overloading gehen…?!)

          Fall 2: indirekt

          Problem: hash(indexShape(index), “CAT”), hash modifiziert die Rückgabe von indexShape

          Quelle:  http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/IndexQGram.html  (wichtig in Fett)

          

           

          int main()
          {
              typedef Index<DnaString, IndexQGram<UngappedShape<3> > > TIndex;
              TIndex index("CATGATTACATA");
          ​    hash(indexShape(index), "CAT");
          ​    for (unsigned i = 0; i < length(getOccurrences(index, indexShape(index))); ++i)
          ​      std::cout << getOccurrences(index, indexShape(index))[i] << std::endl; 
          ​      return 0;
          } 

           

          Ebenso http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/AlignmentRepresentation.html : 

          resize(rows(align), 2);

           

          Besonders ätzend

          ABER: Nicht immer wird eine Referenz zurückgegeben, was dazu führt, dass die Wertzuweisung nicht immer funktioniert (= wenn Values zurückgegeben wird)

          • 7I: “it’s re-inventing the bracket operator" (17:1...
          • KB: "to make things more funny there are places in...
          • 7I: "It's this inconstancy that make it hard" - (e...
          • Benennungsinkonsistenz

            Wenn schon Shortcuts, dann bitte auch konsistent

          • 7I: small summary: You don't know when there is th...
          • 7I: sometimes it returns a copy instead of a refer...
          • question: Is this the normal way of doing things i...
          • RR: It's hard to say because [… mehrfache Untebrec...
          • RR: There are dependencies between the elements an...
          • AL: Wouldn't it be possible to remove the overload...
        • Operatoreninkonsistenz

          Explizite Datenstrukturmodifikationen  funktionieren nicht immer!

          Manchmal wird Kopie anstelle von Referenz zurückgegeben

          Best Practise fehlt

          Ein Anwender zog die implizite Zuweisung sogar vor, wenn es dadurch alles wenigstens konsistent ist.

          • 7I: “it’s re-inventing the bracket operator" (17:1...
          • KB: "to make things more funny there are places in...
          • 7I: small summary: You don't know when there is th...
          • 7I: sometimes it returns a copy instead of a refer...
          • question: Is this the normal way of doing things i...
          • AL: Wouldn't it be possible to remove the overload...
          • assignValue(x,n,y) vs. x[n] = y
            • 7I: "It's this inconstancy that make it hard" - (e...
            • 7I: small summary: You don't know when there is th...
            • KB: "to make things more funny there are places in...
          • appendValue(x,y) vs. x + y

            Warum nicht + wie bei Konkatenation von Strings?

            appendValue(x, value) http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=StringConcept#appendValue

            TSequence seq1 = "TTGT";
                TSequence seq2 = "TTAGT";
            
                TStringSet strings;
                appendValue(strings, seq1);
                appendValue(strings, seq2);
            
                TAlignGraph alignG(strings);

        • Versteckte Parameterübergabe

          ~ sind Parameterübergaben, die nicht explizit geschehen, sondern in einem Objekt gespeichert werden, das als Parameter dient.

          AL: Problem occurred in the index tutorial  hat konkret die Arbeit mit Index , hash und getOccurrences gemeint:

          1. Problemklasse: Modifikation einer Funktionsrückgabe (siehe Funktionsrückgabenmodifikation) (hier: hash)
          2. Problemklasse: Versteckte Parameterübergabe
          • hash speichert Ergebnis in seiner Eingabe (“confusing”, “should be stored in another object”, “the hash value does not belong to the shape")
          • gebe getOcurrences verwendet erhält keinen expliziten hash-Parameter (“CAT”), sondern erhält dieses über ein anderes Objekt,
            in dem dieser Parameter bereits vorliegt (“indexShape(index)”), gleiches gilt für das hash-Ergebnis (“logic wouldn’t work because you don’t have the pattern which you are looking up”, “[the pattern] should also be passed to [getOccurrences]”)
          • X: “In other cases it’s really straight forward in SeqAn but in this case it was artificially complicated."
          • Lösung: hash-Ergebnis explizit gestalten
            Alternativlösung: Sichtbarmachung der Implementierung

          Quelle:  http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/IndexQGram.html  (wichtig in Fett)

          

           

          int main()
          {
              typedef Index<DnaString, IndexQGram<UngappedShape<3> > > TIndex;
              TIndex index("CATGATTACATA");
          ​    hash(indexShape(index), "CAT");
          ​    for (unsigned i = 0; i < length(getOccurrences(index, indexShape(index))); ++i)
          ​      std::cout << getOccurrences(index, indexShape(index))[i] << std::endl; 
          ​    return 0;
          } 

           

           

          • AL: Problem occurred in the index tutorial
          • the resulting hash value is stored in the shape wh...
          • the hash value should be stored in another object
          • but find with an index and a shape just in the log...
          • “I think the hash value does not belong to the sha...
          • "It wasn't that straight forward as you would have...
          • "But in this case it was artificially complicated"...
    • Dokumentationsprobleme

      Die Online-Dokumentaton ist schwer zu finden.

      • 60ba - learningStyle

        Im Vergleich zu damals (User verwendet SeqAn schon lange) haben sich Lern-Ressourcen verbessert.

      • a202 - learningStyle
      • 7c79 - learningStyle

        S4 = Advanced OOP system in R

        BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

        “a less confusing API reference"

      • d3b2 - learningStyle
      • Fehlender Gesamtüberblick

        Das Lernen von SeqAn erfordert Orientierungshilfen (z.B. Überblick), die aktuell nicht ausreichen.

        Beispiele:

        • Fehlende Best Practices (siehe aba9 - prematureCommitment )
        • Gewinnbringender Einsatz von Template Programmierung (siehe aba9 - prematureCommitment )
        • Dokumentation in einem Guss (wahrscheinlich sind Design-Erläuterungen gewünscht) 7c79 - learningStyle 

        aba9 - prematureCommitment “Gesamtüberblick”

        a202 - personal “übersichtlich"

        Führt zu Individuelle Programmentwicklung aufwendig 

        Lösung:

        • offensichtlich
        • Beispiel-Programm

         

         

         

         

        • aba9 - prematureCommitment
        • c547 - hardMentalOperations

          Verschiedene Lesarten:

          1. Ich muss mich erst an die vorhandene Funktionalität gewöhnen.

          2. Ich muss erst verstehen, welchen Funktionen überhaupt bereit stehen.

        • c547 - provisionality
        • 7c79 - personal

          Jede Art von Orientierung fehlen.

          Systematik / Überglick über LETs fehlen.

        • 3ff7 - personal

          Mögliche Ursache

        • 7c79 - learningStyle

          S4 = Advanced OOP system in R

          BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

          “[need] a book: a properly written hard-copy book-manual-reference. Like the R book."

        • Fehlende Verweise auf Unterklassen

          ff

          Wahrscheinliche Ursache:
          Die Relation zwischen Klassen (aba9: “Abstrakte Klassen”) und Spezialisierungen (aba9: “Unterklassen”) ist schwierig zu erkennen.

          In DDoc nicht nachvollziehbar. Möglicherweise fehlt das Diagramm bei manchen Klassen.

          

          In Dox gelöst durch explizite Angabe mittels "All Subcl’s”.

          

          • aba9 - hardMentalOperations

            1. Teilsatz unklar

        • Bibliothekszuständigkeit

          Die Funktionsbreite ist laut 7c79 - personal  unklar.

          Daher stellt an sich die Frage, welche Funktionalität nun durch C++ und welche durch SeqAn erbracht wird.

          • 7c79 - personal
          • AL: "members of the objects are not listed"
      • Fehlende Anwendungsbeispiele

        In den Online-Quellen gibt es (viel) zu wenig Beispiele.
        Das erschwert das Verständnis und die Arbeit am eigenen Code.

        Bereits viel besser (alle wichtigen Datentypen abgedeckt) in Dox.

        Mögliches generelles Problem:
        - “SeqAn Spirit” - also welche Grundprinzipien hat SeqAn - wird nicht vermittelt 

        • aba9 - hardMentalOperations

          1. Teilsatz unklar

        • Fehlende Verweise auf Unterklassen (Hoch, Gering)

          ff

          Wahrscheinliche Ursache:
          Die Relation zwischen Klassen (aba9: “Abstrakte Klassen”) und Spezialisierungen (aba9: “Unterklassen”) ist schwierig zu erkennen.

          In DDoc nicht nachvollziehbar. Möglicherweise fehlt das Diagramm bei manchen Klassen.

          

          In Dox gelöst durch explizite Angabe mittels "All Subcl’s”.

          

        • a202 - roleExpressiveness

          Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

          Anwender gibt an, dass er mittels Rückgabedokumentation auf das fehlende Anwendungsbeispiel schließt

        • 60ba - viscosity

          Befragter spricht von “Funktionalität"

          Die Bedeutung war mir erst unklar.
          Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

          Transkription:
          Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

          “wenig Beispiele"

        • Fehlende Best Practise Beispiele

          Anwender klagen über verschiedene Lösungswege (soll ich einen C-, C++- oder SeqAn-String verwenden?).

          Es fehlt es Erklärung, was üblich und “erwünscht” ist.
          Die Konfrontation mit dem Problem wird mit “Verwirrung” beschrieben.

          Ursachen:

          • Kompatibilität 
          • 3ff7 - personal

            Mögliche Ursache

          • AL: StringSets - different types of StringSets wit...
          • question: Is this the normal way of doing things i...
      • Fehlende Dokumentation der Rückgabetypen

        Der Rückgabetyp von Funktionen wird sehr häufig nicht dokumentiert.

        Sehr häufig handelt es sich um Rückgaben von Metafunktionen die nur als T[Placeholder] (z.B. TSize der TFibre) bezeichnet aber nicht weiter erklärt werden. In http://docs.seqan.de/seqan/dev3/class_Index.html#Index%23indexText TFibre indexText(index) wird beispielsweise TFibre mit den Worten “A reference to the text of the index” beschrieben. Im entsprechenden Code-Beispiel wird der Wert nicht einer Variablen zugewiesen, so dass man auch dort den Typ nicht feststellen kann.

        

        Es wäre eine Verbesserung, statt

        TFibre indexText(index);

        folgendes zu schreiben:

        Fibre<TContainer, TSpec>::Type indexText(index);

        • TFibre indexText(index) http://docs.seqan.de...
        • aba9 - roleExpressiveness

          “Was eine Funktion tut, erkennt man nur schwer, weil man nicht sieht, wozu sie gehören. Davon hängt ab, was sie tun."

          Scheint intevenierende Bedingung in diesem Fall zu sein.

          Hätte das Problem wahrscheinlich abgeschwächt.

        • a202 - roleExpressiveness

          Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

          ​“recht schlecht Dokumentiert welche Funktionen welche Rückgabewerte besitzen"

        • a202 - personal

          nicht klar, ob “schwer danach” oder nicht “schwer darin” gemeint ist.

          Daher Suchfunktion (Umständlich) und Auffindbarkeit 

        • KB: Return values missing, (28:23)
      • Suchfunktion

        Die Suche wird als umständlich beschrieben.

        Insbesondere die Sortierung von Suchergebnissen.

        • 3ff7 - learningStyle
        • a202 - personal

          nicht klar, ob “schwer danach” oder nicht “schwer darin” gemeint ist.

          Daher Suchfunktion (Umständlich) und Auffindbarkeit 

        • Sortierung der Suchergebnisse

          Die Sortierung der Suchergebnisse positionierte in der bis dato gültigen Version die Elemente in keiner zu erwartenten Reihenfolge.

          Eine Verbesserung von Manuel Holtgrewe verbesserte die Situation; die Ordnung war dennoch nicht nachvollziehbar.

          

          In Dox 3 ist das Problem gelöst:

          

           

           

          Auch nach Verbesserungen unzureichend:
          Z.B. Iterator-Metafunktion eigentlich das, was man sucht, wenn man “iterator” eintippt.
          Aber Suchtreffer sieht wie folgt aus (der Suchtreffer ist eine Member-Metafunktion von ContainerConcept):

          

          • a202 - learningStyle
      • Tutorials

        Assignments werden als Hilfreich beschrieben.

        Hier sind nur noch die überarbeiteten Tutorials erfasst.

        Zeigt die Verbesserung!

        Erleichert den Einstieg in SeqAn.

        Allerdings wird das Bearbeiten der Tutorials als mühsam bezeichnet bzw. als Prozess, bei dem man “Disziplin” braucht aba9 - learningStyle 

        • a202 - hardMentalOperations
        • a202 - learningStyle
    • Laufzeitprobleme
      • Compiler-Fehlermeldungen

        Die Anwender verstehen Compiler-Meldungen nicht.

        Viele Gruppendiskussionsteilnehmer stimmen zu. a few people agreed that it's hard to read the com... 

        Wird als besonders nervig empfunden, wenn “error is in some SeqAn file” oder “it’s kind of annoying that it doesn’t even tell you the line" “it’s kind of annoying that it doesn't even tell y... 

        Lediglich einfache Syntax-Probleme werden als relativ leicht behebbar beschrieben. alien: errors concerning missing semicolons, inclu... 

        Lösung

        Nicht machbar für SeqAn (zu aufwendig): End-To-End-Compiler citep{Stylos:2009ts}

        • got some compilers errors. tried to guess what it ...
        • a few people agreed that it's hard to read the com...
        • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
        • AL: errors concerning missing semicolons, includes...
      • Versagensverschleppung

        ~ beschreibt, dass ein Versagen erst viel später sichtbar wird, als der Anwender erwarten würde. Dies ist zum Beispiel bei dem Lesen von SAM/BAM-Dateien der Fall. Aus Effizienzgründen werden fehlerhafte Symbole beim Einlesen solcher Dateien als Nukleotid A dargestellt.
        Ein derartiges Versagen führt aber nicht zum Abbruch oder einer darauf hinweisenden Ausage des Programms. Erst die inhaltliche Analyse der Ergebnisses lässt möglicherweise Rückschlüsse auf das fehlertolerante Lesen zu.

        Weitere Quelle aus HE: LENGTH, warum ist LENGTH(5) = 1?

        Eine Check-Möglichkeit existiert aktuell nicht.  

        Reaktionen

        “How doy ou know something is not okay?” How do you know something is not okay? 

        “Analysis is consequently erroneous” Analyse is consequently erroneous 

        “Fixing the problem can take a long time until you figured out that you had a typo” Fixing the problem can take a long time until you ... 

        “posed a lot of problems just because of a small mistake” further support by Greek woman “posed a lot of pro... , “I experienced the problem my own”   Problem also nicht nur theoretisch sondern real. 

        WICHTIG:

        Anwesende Entwickler mischen sich in Diskussion ein und argumentieren, warum SeqAn so ist, wie es ist. (~ 3min, 52:37 - 55:20 auf der Aufnahme) Stattdessen sollten Sie das Feedback aufnehmen und das Produkt sogut es geht auf die Anwenderwünsche zuschneiden. Allgemeine Kritik an Awareness der SeqAn-Entwickler. Schlimmer  war das technisches Wegdiskutieren allerdings im Feedback-Gespräch nach Workshop’11, wo die erste Frage ebenfalls wegdiskutiert wurde und keine weitere mehr gestellt wurde.

        Lösung

        An dieser Stelle wird empfohlen, jeder fehlertoleranten Funktionalität die Konfigurationsmöglichkeit zu geben , Hinweise zu geben oder gar Ausnahmen zu werfen, wenn von der Toleranz Gebrauch gemacht wurde Error expected, or exception, it aborts or a warni... .

        Standardmäßig immer checken further support by 7i “by default you check everyt... .

        Option zum nicht checken, wenn man weiß, dass eigene Daten sauber sind. 7i: If you know your data is sane -  that's why yo... 

        Kompromiss

        Negativer Einfluss auf Performance Jochen: Down-side runtime “you have to pay a price... 

        Gegenantwort: Die Zeit, die man hier spart, muss man an anderer Stelle vielfach zahlen. 7i: Yes it takes time but the time you need to fin... 

        Evidenz

        Wurde am 01.07.2014 von Manuel Holtgrewe als “Gut” bezeichnet.
        Insbesondere wenn Exceptions denn Anwender dazu zwingen, einen Fehlerfall zu behandeln.

        

        • Meyers, S. D. (1998). Effective C++: 50 specific ways to improve your programs and designs. Addison-Wesley. bibtex://meyers1998e...
        • 7I: yes, (46:42)

          “Does it cause problems?”
          Answer: Yes

        • "You wanna know if something is wrong."
        • How do you know something is not okay?
        • Typos can occur in DNA strings (47:46)
        • Analyse is consequently erroneous
        • Fixing the problem can take a long time until you ...
        • Error expected, or exception, it aborts or a warni...
        • 7I: "If you want automated conversion then they sh...
        • further support by 7I “by default you check everyt...
        • further support by GM “posed a lot of problems jus...
        • virtually all
        • JS: Down-side runtime “you have to pay a price for...
        • 7I: Yes it takes time but the time you need to fin...
        • 7I: If you know your data is sane -  that's why yo...
        • strong support by GM and AL (52:36) “just make it ...
        • “I experienced this problem my own"
        • technical details on solution (till 55:20) - Zeigt...
        • RR: “we don’t have a real one time check" (56:38 -...
    • Werkzeugunterstützungsprobleme

      NICHT VON GRILL (= BEITRAG)

      Alles zum Thema Integration von SeqAn in die IDE des Anwenders

      eb6d - personal 
      Keine Erstellung von Apps möglich,
      bereits einmal Bachlor-Ausschreibungsthema gewesen (Kritik bereits während der Workshops Workshop '11 apiua://workshop/201... geäußert)
      
      Anleitung zur Erzeugung von Projektdateien ausschließlich für Kommandozeile (siehe http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/GettingStarted/MacXcode#HelloWorld) 

      • eb6d - personal
      • "not comparable to the Java API"
      • Fehlende Autovervollständigung

        Die fehlende Autovervollständigung wird bemängelt.

        Auch wenn andere Strategie verwendet wird, sagen die Teilnehmer der Gruppendiskussion, dass sie das Feature dennoch erwarten! Hälfte der Teilnehmer haben OOP-Background.

        Nur behebbar, wenn IDE Concepts unterstützt, was in einem neueren Sprachstandard wohl funktionieren dürfte.
        Anderenfalls wüsste die IDE nicht, ob die Funktion tatsächlich das im Raum stehende Objekt als Argument akzeptiert.

        • AL: “I’m missing auto-completion”(10:22)

          Proxy für Would use the online documentation. 

        • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
        • AL: would be still easier if there was auto-comple...
        • KB: "Even if you find the global function by name ...
        • no, since the tutorials were easy enough (zeigt No...
        • Others: depends on the way you work. if used to au...
        • "not comparable to the Java API"
        • AL: "auto-completing is missing"
  • Strategien

    Aktuell sind 3 Strategytypen bekannt:

    1. Verständnisvermeidung
    2. Verständnis-/Qualifikationsaufbau
    3. Kompensation (ähnlich der Vermeidung, nur werden hier andere Mittel ergriffen, vielleicht doch das gleiche?)
    • Explorationsstrategien

      Strategien zum Erkundschaften und Auffinden von Library-Bestandteilen 

      • Anfangsklassenverwendung
      • Punkt-Funktionssuche

        DIese Strategie besteht in der Eingabe von “.” nach einem Object, um die anwendbaren / zur Verfügung stehenden Funktionen zu ermitteln.

        Wichtig!

        Kann nur in Langzeitbeobachtung (inkl. ganzes Benennungsproblem) evaluiert werden.  no need for auto-complete since they already knew ...  

        • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
        • no need for auto-complete since they already knew ...
        • vi and other programs have plugins to allow this f...
      • Buffer-Autovervollständigung

        Verwendung von Buffer-Autocompletion wie sie durch Editoren wie vi angeboten werden.

        Nicht bekannt, ob vi den gesamten Quellcode parsed oder nur selbst geschriebenes.
        In letzerem Fall stehen nur Funktionen bereit, die man bereits verwendet hat.

        • KB: I use auto-completion in a much more basic way...
        • vi and other programs have plugins to allow this f...
        • but: not optimised for template programming but op...
      • Raten
        • Eigenschaftsraten

          Die Eigenschaften einer Sache werden erraten.

          • AL: "I just don't see the difference between Strin...
        • Namenerraten

          Ist ein Name nicht bekannt, wird der Name erraten.

          Dazu werden bekannte / typische Bezeichner verwendet und die Namenskonvetion (z.B. CamelCase) verwendet.

          • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
          • AL: “if you know the function name you have an ide...
          • AL: functions are camel-cased + if you know parts ...
          • KB: "Even if you find the global function by name ...
    • Lernstrategien

      Strategien zum Erlernen eines Produkts / SeqAns

      • Experimentelle Hypothesenüberprüfung

        Die Möglichkeiten, mal einfach herumzuprobieren / experimenten sind eingeschränkt.
        Hypothesen zum Verständnis der Funktionsweise von SeqAn können nicht überprüft werden

        Genannte Ursache bisher:

        Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) 

        Metafunktionen 

        Schweiter immer wieder am Nicht-Kompilieren (siehe 3ff7 - progressiveEvaluation (grounding Kompilieren (Schei)tert) bedingt Experimentelle Hypothesenüberprüfung (Eingeschränkt, Gegeben)) )

        • 3ff7 - provisionality
        • a202 - provisionality
        • d3b2 - provisionality
        • 7c79 - provisionality

          “No, for that I’d use Perl or Python"

        • c547 - provisionality
        • 60ba - provisionality
        • 3ff7 - progressiveEvaluation
      • Konzeptverstehen

        Um SeqAn zu erlernen, versucht der Anwender bewusst den konzeptionellen Unterbau zu verstehen.

        Besonders bei erfahreren Anwendern unternommen.

        Notiz:
        In CD nicht kodiert, da zu spät entdeckt.

        • 7I: example: “length has to know all these contain...
      • Dokumentationsstudium

        Wenn ein Problem / Fragestellung ungeklärt bleibt, liest der Anwender nicht-oberflächlich in der Doku.

        Im Unterschied dazu gibt es nicht das  Opportunistisch e Herumprobieren.

        • d3b2 - exploringPercentageTime

          In Kombination mit d3b2 - workStyle 

        • a202 - learningStyle

          “viel in die Dokumentation geschaut"

        • 60ba - viscosity

          Befragter spricht von “Funktionalität"

          Die Bedeutung war mir erst unklar.
          Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

          Transkription:
          Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

          “ergründen"

          + Anwender = systematisch

        • 7c79 - prematureCommitment
        • Would use the online documentation.
        • AL: “I’m missing auto-completion”(10:22)
        • AL: "I just don't see the difference between Strin...

          wurde erfragt

      • Programmverstehen

        Ein Phase / Aktivität, die dazu verwendet wird, existierenden SeqAn-Code (wahrscheinlich SeqAn-Tutorial-Code) nachzuvollziehen.

      • Workshop-Erlernen

        ~ beschreibt das Ziel, SeqAn innerhalb der angebotenen Workshops zu erlernen.

        • aba9

          1 Woche Erfahrung

          Anfänger

          Workshop-Besucher

    • Diagnosestrategien
      • Analyse is consequently erroneous
      • Fixing the problem can take a long time until you ...
      • Backtracking

        ~ als Strategie der Fehler-/Defektdiagnose, d.h. die letzte Änderungen werden schrittweise eroiert bis kein Versagen mehr auftritt.

        Die Fehlersuche wird im Falle von Compiler-Fehlermeldungen wird anhand der “line of code”-Angabe der Fehlermeldung gemacht. Kuchenbecker: only used information is the line of... 

        Wird als besonders nervig empfunden, wenn “error is in some SeqAn file” oder “it’s kind of annoying that it doesn’t even tell you the line" “it’s kind of annoying that it doesn't even tell y... also eine assertion verletzt wurde. Dann fehlt die Zeile bzw. die Anwender übersehen diese Angabe. (Dann muss der Debugger ran)    

        Fehleranfälligkeit klar: Die letzte Änderung, die das Versagen dann beseitigt hat, wird als der Defekt angenommen und lässt evtl. Rückschluss auf Fehler zu. Beides Rückschlüsse können fehlerhaft sein (z.B. weil eine andere Code-Änderung gemacht hat, die auch zur Beseitigung des Versagens geführt hat)

        • solution: simple backtracking - what did I change ...
        • KB: only used information is the line of code
        • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
        • “it’s kind of annoying that it doesn't even tell y...
        • KB: occurs when SeqAn assertions fail - happens at...
        • you have to use a debugger in this case (24:46)
      • Debugging
        • you have to use a debugger in this case (24:46)
        • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
    • Verwendungsstrategien

      Strategien zur Anwendungs von Library-Bestandteilen

      • Heuristik-Entwicklung

        ~ tritt ein, wenn Verständnis aktiv vermieden wird oder nur sehr schwer zu erbringen ist.

        • Metafunktions-Heuristik

          ~ wird von Anwendern entwickelt, wenn Sie Natur von Metafunktionen nicht begriffen haben

          Die besteht darin, ::Type anzufügen oder zu entfernen, bis der Code kompiliert.

        • Defektanalyse-Heuristik

          Von Anwendern nicht weiter erklärt.

          • KB: You associate over the time some patterns with...
          • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
      • Gebrauchserklärung / Gebrauchsrekonstruktion

        Anwender gehen mit fehlenden (oder unzureichenden?) Beispielen wie folgt um:

        Sie wünschen sich entweder eine geringere Work-Step Unit um den Funktionsablauf / -weise besser zu verstehen
        und/oder eine gut dokumentierte Rückgabe. Mit diesen Informationen könnten Sie besser das fehlende Anwendungsbeispiel rekonstruieren.

         

         

        Unzureichende Kenntnisse bezogen auf SeqAn aber besonders auf C++/TP (vgl. Unbekannte Konstrukte / LET) werden nicht systematisch abgestellt (zum Beispiel durch Selbststudium), sondern kompensiert.

        Möglichkeiten d. Kompensation: siehe Untercodes

        • a202 - roleExpressiveness

          Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

          “z.B. nicht weiß, ob der Iterator bewegt wird oder ein neuer erzeugt, usw."

      • Beispiel-Lernen

        Anwender erlernen den Gebrauch von SeqAn anhand von Beispielen.

        Relevante Lektüre: "Program Comprehension Modelle" in Diss

        Wird interessanterweise nur bei systematisch / pragramtisch lernenden Anwendern beobachtet!

        Weitere Quellen:

        • Gespräch mit P1 am 06.09.2012: “Ich kopiere meist mehrere Zeilen und passe sie dann an."
        • Gespräch mit S1 am 18.09.2013: “I simply skip the text part and scroll right to the examples."
        • Gespräch mit P2 am 19.09.2013: Liest Beispiele nur durch; kopiert i.d.R. nicht das gesamte Beispiel, wenn überhaupt
        • Gespräch mit P3 am 19.09.2013: Liest Beispiele und ist genervt, wenn diese nicht da sind, weil er dann den Text lesen muss.
        • 60ba - viscosity

          Befragter spricht von “Funktionalität"

          Die Bedeutung war mir erst unklar.
          Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

          Transkription:
          Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

          “wenig Beispiele"

      • Wiederverwendung
        • Implementierungswiederverwendung

          cite{Lange:1989jr}: Ein erfahrener Entwickler hatte eine existierende Softwarebibliothek, die verschiedene wiederverwendbare Komponenten bereitstellt, um neue Komponenten erweitert. Um dies zu tun, kopierte er häufig eine ähnliche Komponente und passte diese an.

          cite{Rosson:1996da,Stylos:2008jt} machten ähnliche Beobachtungen. Dabei wurde konkret ganze Klassen kopiert und so lange angepasst, bis die angepasste Klasse ihren neuen Zweck erfüllte.

            
            Diese Strategie wird von cite{Fairbanks:2006jw} kritisch gesehen. Sie nennen drei Schwierigkeiten:
            begin{enumerate}
              item Das Auffinden solcher konkreten Anwendungsfälle ist schwierig und zeitaufwändig.
              item Die Bestimmung relevanter Teile ist fehleranfällig.
              item Die Bewahrung der Intention wird sogar als textit{unmöglich} (``impossible'') beschrieben.
            end{enumerate}
        • Anwendungswiederverwendung

          cite{Rosson:1996da} beschreibt die Wiederverwendungsform reuse of uses, al- so das Wiederverwenden von Anwendungen. Die Autoren machte die Beobach- tung, wie API-(End-)Anwender vor der Frage standen, wie ein bestimmtes API- Konstrukt (Datenstruktur, Funktion, etc.) denn nun genutzt wird. Dazu suchten manche Anwender nach einem ähnlichen Anwendungskontext (z.B. in Form von Codebeispielen), die dann häufig als verbindliche Vorlage kopiert und angepasst wurden.

          Diese Strategie wird von cite{Fairbanks:2006jw} kritisch gesehen. Sie nennen drei Schwierigkeiten:

          1. Das Auffinden solcher konkreten Anwendungsfälle ist schwierig und zeitauf- wändig.

          2. Die Bestimmung relevanter Teile ist fehleranfällig.

          3. Die Bewahrung der Intention wird sogar als unmöglich (“impossible”) beschrieben. 

          Dimension: Verständnisvermeidung

          Generelle, sehr gute Beschreibung
          Ko, A. J., & Myers, B. A. (2005). Human factors affecting dependability in end-user programming. ACM SIGSOFT Software Engineering Notes (Vol. 30, pp. 14). ACM. doi:10.1145/1082983.1083245

          Sehr gutes Beispiel
          Lange, B. M., & Moher, T. G. (1989). Some strategies of reuse in an object-oriented programming environment. ACM SIGCHI Bulletin (Vol. 20, pp. 6973). ACM. doi:10.1145/67450.67465

          • Metafunktions-Heuristik

            ~ wird von Anwendern entwickelt, wenn Sie Natur von Metafunktionen nicht begriffen haben

            Die besteht darin, ::Type anzufügen oder zu entfernen, bis der Code kompiliert.

          • Blindes Kopieren

            Weil Anwendern das Setzen von Template Parametern zu schwierig ist (Fehleranfälliges Setzen von Template-Parametern  ), kopieren sie einfach Code-Stücke, ohne sie zu verstehen. siehe 3ff7 - roleExpressiveness (grounding Blindes Kopieren, ohne zu verstehen) 

            "I have little understanding why in a particular place a particular form or variant or an idiom is used in place of another one” 7c79 - roleExpressiveness 

            • 3ff7 - roleExpressiveness

              Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

            • 7c79 - roleExpressiveness

              Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

              Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

              Beispiel: Metafunktionen 

              Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

              “I end up copying code snippets from other apps without understanding why they work and why what I initially wrote doesn’t."

              “most of the time I copy code snippets that seem to do what I need. I have little understanding why in a particular place a particular form or variant or an idiom is used in place of another one."

          • Adaptives Kopieren
        • Wissenswiederverwendung
  • Folgen
    • Erlernbarkeit

      Wie leicht kann man SeqAn erlernen?

      Versprechen, SeqAn sei leicht zu erlernen, wird enttäuscht.

      • Lernkurve / Lernaufwand

        Flach: Das Erlernen von SeqAn braucht Zeit und Übung.
        Wird von  aba9 - learningStyle  sogar mit “ Disziplin " beschrieben.
        Immer wieder wird von notwendiger  Praxis  ( Übung ) erzählt.

          c547 - learningStyle  sagt “once you get through it"

         

         

        • d3b2 - learningStyle

          “needs practice"

        • a202 - hardMentalOperations
        • 60ba - workStepUnit

          “wenn man weiss wie"

        • c547 - roleExpressiveness

          passt nicht ganz

        • c547 - learningStyle
        • aba9 - learningStyle
        • 3ff7 - viscosity

          Triviale Aussage; Paraphrase: Mir fällt das Bearbeiten von Datenstrukturen schwierig, die ich nur wenig kenne.

        • 3ff7 - provisionality
        • a202 - learningStyle

          “viel in die Dokumentation geschaut”, daher “mittel”

        • c547 - provisionality
        • 7c79 - roleExpressiveness

          Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

          Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

          Beispiel: Metafunktionen 

          Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

          "without understanding why they work and why what I initially wrote doesn’t"

        • 3ff7 - mainPurpose
        • Fehlender Gesamtüberblick verschlechtert Einstieg (Leicht, Schwer)
        • 7c79 - prematureCommitment
        • 7c79 - personal
        • Lernfortschritt mittels Tutorials

          Die in den SeqAn-Tutorials aufgeführten Assignments, http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial (“Assignments” namentlich genannt von aba9) helfen den Anwendern dabei, SeqAn zu erlernen.

          Mögliche Ursache

          • in den Assignments werden immer Zwischenlösungen angezeigt werden
          • oder die Assignments sind so kurz, dass keine Zwischenlösung benötigt wird (stattdessen Gesamtlösung)

          Lösungen werden immer vollständig und damit kompilirbar angegeben.

          ABER:

          Das heißt nicht, dass sie reichen! Insbesondere 3ff7 - learningStyle hat große Probleme, SeqAn zum Laufen zu bringen (Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell)), obwohl er die Lernresourcen für hilfreich hält.

          

           

          Disziplin-fordernd

          Die Bearbeitung der Tutorials wird als hilfreich als auch mühsam beschrieben.

          Mögliche Ursache:
          Die Tutorials sind sehr lang und enthalten viel Prosa.
          Zumindest optisch sind de Tutorials sehr text-lastig und enthalten wenig Bebilderung.
          Beispiel:
           

          • aba9 - progressiveEvaluation
          • af6c - learningStyle
          • c547 - learningStyle
          • aba9 - learningStyle
          • d3b2 - learningStyle

            “tutorials […] are really helpful"

          • 3ff7 - learningStyle

            Nicht hilfreich, weil sofort eine Einschänkung folgt und “zum größten Teil” als Gefälligkeitsformulierung (soziale Erwünschtheit) verwendet wird.

          • 7c79 - learningStyle

            S4 = Advanced OOP system in R

            BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

            “ad 2. tutorials."

          • 7c79 - personal

            "However, while I found the tutorials easy to follow and to complete, I found it very hard to start my own work."

            “I [had] a very good time writing simple apps. But when I tried something more complex, I immediately run into a wall."

            "it is easy at the beginning, but is becomes rapidly much harder when the problems complexity arises."

        • Lernfortschritt mittels Assignment

          Die Assignments (in den Tutorials) werden als hilfreich zum Erlernen von SeqAn beschrieben.

          • a202 - hardMentalOperations (grounding Tutorials erleichtert Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell))
      • Erkundungs- und Verständnisaufwand

        Def: Anwender konsultiert SeqAn-Lernresourcen (Doku, Tutorials, etc.)

        Nur statistische Zahlen: 9 Befragte

        Bei jeweils 4 Teilnehmer entfällt mehr als 50% bzw. 80% der Zeit auf das Verstehen und Explorieren von SeqAn.

        Durchschnittlich 75% um genau zu sein. Allerdings darf man nicht vergessen, dass es sich um einen Workshop handelt.

        Bei Anfängern:

        • Hoch: >= 80%
        • Gering: <= 50%

        Bei Fortgeschrittenen:

        • ??

        Bei Experten:

        • ??

         

         

        • 00c6 - understandingPercentageTime
        • aba9 - understandingPercentageTime
        • a202 - understandingPercentageTime
        • 60ba - exploringPercentageTime
        • 3ff7 - understandingPercentageTime
        • c547 - exploringPercentageTime
        • d3b2 - exploringPercentageTime
        • eb6d - exploringPercentageTime
        • 7c79 - roleExpressiveness

          Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

          Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

          Beispiel: Metafunktionen 

          Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

          “requires lot of reading of the documentation"

      • Einstieg

        Wie schnell kommt man als Anfänger in SeqAn rein.

        Erste Entwicklungsversuche.

        • a202 - learningStyle
        • a202 - personal

          nicht klar, ob “schwer danach” oder nicht “schwer darin” gemeint ist.

          Daher Suchfunktion (Umständlich) und Auffindbarkeit 

        • eb6d - personal
        • c547 - hardMentalOperations

          Verschiedene Lesarten:

          1. Ich muss mich erst an die vorhandene Funktionalität gewöhnen.

          2. Ich muss erst verstehen, welchen Funktionen überhaupt bereit stehen.

        • c547 - roleExpressiveness
        • c547 - provisionality
        • c547 - consistency
        • 7c79 - typicalProducts

          “tried to implement"

        • 7c79 - workStepUnit

          “extremely messy and require a lot of overhead” + Anfänger

        • 7c79 - prematureCommitment
        • 7c79 - consistency
        • 7c79 - learningStyle

          S4 = Advanced OOP system in R

          BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

          “it was easier for me to understand S4 programming framework in R or how BWT works than to figure out what how to cast a variable to its correct type"

        • 7c79 - personal
        • 7I: "If SeqAn … had the same way of doing things l...
        • “you don’t have to learn all the iterators and stu...
        • KB: “not clear why you have to go through all this...
        • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
        • "It wasn't that straight forward as you would have...
        • "But in this case it was artificially complicated"...
        • AL: Problem occurred in the index tutorial
        • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
        • GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it...
        • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
        • AL: If you have a metafunction and this double col...
        • There should be an explanation in the tutorials (4...
        • Best location for this information: "Where you fir...
        • People found the link in the First Steps Tutorial ...
        • 7I: containers, …, …, "You expect to have all thes...
      • Schnelle Anfangserfolge
        • 7c79 - personal

          "However, while I found the tutorials easy to follow and to complete, I found it very hard to start my own work."

          “I [had] a very good time writing simple apps. But when I tried something more complex, I immediately run into a wall."

        • aba9 - learningStyle
      • Persistenz

        Interessanterweise ist zu Beobachtung, dass Probleme, die weitgehend mit Template Programming zu tun haben, von Personen, die bereits lange (aber sporadisch) SeqAn einsetzen, immer noch bestehen!

        Selbst 00c6 - understandingPercentageTime gibt noch eine Verständniszeit beim Entwickeln von 30% (70% = Entwicklung) an.

        Ewtl. allgemeiner: SeqAn kann im sporadischen Gebrauch nicht erlernt werden

        Bei  7c79 - personal  noch weitere Facette: nämlich schnelle Anfangserfolge und dann enormer Schwierigkeitsanstieg (bei eigenen Entwicklung im Kontrast zu Tutorials)

        • "However, while I found the tutorials easy to follow and to complete, I found it very hard to start my own work."
        • “I [had] a very good time writing simple apps. But when I tried something more complex, I immediately run into a wall."
        • "it is easy at the beginning, but is becomes rapidly much harder when the problems complexity arises."

        TODO: evtl. zur Eigenschaft des (zu erstellenden Codes) Usability-Problem machen

        • 60ba - hardMentalOperations

          Paraphrase: Unbekannte LET erschweren meine Programmentwicklung

          Unbekannt, von welchen “Konzepten” und “Konstrukturen” die Rede ist.

        • 3ff7 - hardMentalOperations

          Besonders relevant, da User seit 4 Jahren

        • 3ff7 - errorProneness
        • 3ff7 - roleExpressiveness

          Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

        • 3ff7 - progressiveEvaluation
        • 00c6 - understandingPercentageTime
        • 60ba - roleExpressiveness
        • 60ba - progressiveEvaluation

          wenig Bezug zur Frage; hat sich eher das Herz ausgeschüttet

        • apiua://relation/3r12m6r4ft2ur237dvppedjq6d4k538k
        • Metafunktionen bedingt Komplizierte Konstruktion von Typen
        • Metafunktionen bedingt Fehleranfälliges Setzen von Template-Parametern
        • 60ba - proficiency
        • 3ff7 - proficiency
        • Produkt-spezifisches Wissen

          Durch das “eigenartige” Design von SeqAn, kann kaum existierendes Wissen wiederverwendet werden.

          • 3ff7 - proficiency
          • 60ba - proficiency
          • 60ba - hardMentalOperations

            Paraphrase: Unbekannte LET erschweren meine Programmentwicklung

            Unbekannt, von welchen “Konzepten” und “Konstrukturen” die Rede ist.

          • 60ba - roleExpressiveness
          • 60ba - progressiveEvaluation

            wenig Bezug zur Frage; hat sich eher das Herz ausgeschüttet

          • 3ff7 - viscosity

            Triviale Aussage; Paraphrase: Mir fällt das Bearbeiten von Datenstrukturen schwierig, die ich nur wenig kenne.

          • 3ff7 - hardMentalOperations

            Besonders relevant, da User seit 4 Jahren

    • Emotionen

      User Experience Probleme

      • Sympathie

        Der Entwickler mag SeqAn - einfach so.

        • 7c79 - personal

          “people having invested obviously copious amounts of work in writing documentation and tutorials"

          “I like SeqAn"

      • Verunsicherung
        • KB: "Even if you find the global function by name ...
        • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...

          Proxy für Kuchenbecker: "Even if you find the global functio... (grounding Unsicherheit) 

      • Unverständnis / Genervtheit

        Anwender können wenig Verständnis dafür aufbringen, dass SeqAn so komplex und schwierig zu lernen ist.

        Motivation (z.B. Benchmark) würde Motivation angeben, SeqAn zu erlernen Kuchenbecker: “not clear why you have to go throug... 

        • 7c79 - personal

          "However, while I found the tutorials easy to follow and to complete, I found it very hard to start my own work."

        • KB: “not clear why you have to go through all this...
        • 7I: Where is the performance improvement? … (me) Y...
        • 7I: “it’s re-inventing the bracket operator" (17:1...
        • KB: "That's exactly what I don't find consistent" ...
        • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
        • GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it...
        • How do you know something is not okay?
        • Fixing the problem can take a long time until you ...
        • AL: "I don't like Shortcuts"
        • Why would you need to have shortcuts if you had to...
        • 7c79 - roleExpressiveness

          Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

          Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

          Beispiel: Metafunktionen 

          Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

          “extremely un-intuitive"

        • “it’s kind of annoying that it doesn't even tell y...
      • Frustration / Resignation

        liegt erst ab folgender Schwelle vor:

        • Gefühl tritt mehrfach ein
        • Gefühl kann nur mit erheblichen Aufwand / gar nicht umgangen werden

        Insb. nicht wenn:

        • Gefühl nicht dominiert, als nur neben vielen anderen Gefühlen herrscht

         

        Mögliche Ursachen: 

        Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell)  

         

        Vermutlich enorme Hürde, sich mit SeqAn weiterzubeschäftigen

         

        Zitate:

        “For me, this is extremely un-intuitive”  7c79 - roleExpressiveness  

        “makes me feel stupid”,  7c79 - errorProneness  

        "Typing. 99% error messages that I have seen until now were due to incorrect types”,  7c79 - errorProneness

        • 3ff7 - roleExpressiveness

          Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

          "ohne wirklich zu verstehen was sie tun"

        • 3ff7 - progressiveEvaluation

          "fällt mir oft sehr schwer"

        • 3ff7 - personal

          “schafft Verwirrung"

        • 7c79 - typicalProducts

          “tried […] but failed"

        • 7c79 - viscosity

          “99% of the cases […] will not even compile"

        • 7c79 - workStepUnit

          “extremely messy and require a lot of overhead"

        • 7c79 - hardMentalOperations

          Stichpunktartige Paraphrase:

          - remembering complicated

          -- many templates

          -- many variants of types

          -- many variants of templates

          - difference unclear

          -- e.g. Dna5 and Dna5String

           

          Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

          Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

          Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

          Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

          Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

          “and”, “and”, “and” sowie die Frustration die in den anderen Aussagen liegt

        • 7c79 - roleExpressiveness

          Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

          Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

          Beispiel: Metafunktionen 

          Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

          “extremely unintuitive"

        • 7c79 - provisionality

          “No, for that I’d use Perl or Python or even C. Something that […] doesn’t require me to spend time on gettping type casting right."

        • 7c79 - errorProneness

          “99%”, “SeqAn makes me feel stupid"

        • Lernkurve / Lernaufwand (Flach, Mittel, Steil) bedingt Unverständnis / Genervtheit
        • Typing bedingt Experimentelle Hypothesenüberprüfung

          Quelle: 7c79 - provisionality 

        • Typing bedingt Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell)

          Sobald man was ändert, funktionierts/kompilierts nicht mehr.
          Wenn der Code nicht per copy/paste kam, ist er schwer zu entwickeln.

          7c79 nennt Typen, Castings, Templates usw. als Ursache.

           

           

          End User sind häufig opportunistisch und versuchen nur, Code zum Laufen zu bekommen - ohne Hintergründe zu verstehen
          Ko and Myers 2003; Beckwith et al. 2005a

          Quelle: 7c79 - provisionality 

        • 7c79 - prematureCommitment

          “tried to implement (and failed) made me go through tons of documentations before I even finished the basic [tutorials]"

        • 7c79 - consistency

          Der Gesamtheit der Aussagen zu entnehmen.

        • 7c79 - learningStyle

          S4 = Advanced OOP system in R

          BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

          “it was easier for me to understand S4 programming framework in R or how BWT works than to figure out what how to cast a variable to its correct type"

        • 7c79 - personal
        • 7I: containers, …, …, "You expect to have all thes...
        • 7I: "SeqAn is a completely different way of doing ...
        • 7I: example: “length has to know all these contain...
        • 7I: STL is templatized (“main issue”, “expected to...
        • AL: would be still easier if there was auto-comple...
        • 7I: "It's this inconstancy that make it hard" - (e...
        • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
        • “it’s kind of annoying that it doesn't even tell y...
        • AL: "I just don't see the difference between Strin...
        • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
        • Fixing the problem can take a long time until you ...
      • Sarkasmus
        • KB: "to make things more funny there are places in...
        • 7c79 - provisionality
    • Programmentwicklung

      Schnell

      Die Programmentwicklung wird beschleunigt (erleichtert),
      weil SeqAn’s (globale) Funktionen generisch programmiert sind
      und verschiedenartige Typen akzeptieren.

      Interpretation:
      Bei Änderungen bleibt das Programmskelett bleibt stabil. 

      Ursache: Generezität 

      Langsam

      im Falle von 60ba - hardMentalOperations  wird Entwicklung mindestens verlangsamt. Der Ursache liegt wahrscheinlich in Unbekannte Konstrukte / LET 

      Unmöglich

      (ehemals: "Scheitern problem-lösender Programmierung")

      (von 7c79 - viscosity als “will not even compile” beschrieben)

      Anwender schaffen es einfach nicht, das Programm zum Laufen zu bekommen:

      • “weil der Code nicht kompiliert”, “fällt mir oft sehr schwer”, “fällt mir sehr schwer" (3ff7 - progressiveEvaluation )
      • "I did not create a product yet. I have tried to implement two algorithms I have created and implemented before in C, but failed.” (apiua://survey/cd/2013-09-19T11:51:16.616+02:00/typicalProducts)

      Im Gegensatz zum Abarbeiten von Tutorials / Assignments stößt 7c79 - prematureCommitment innerhalb kürzester Zeit auf Probleme, muss “Tonnen von Dokumentation” bewältigen und scheitert dennoch.

      Mögliche Folgen:

      • Frustration 

      Letondal, C. (2006). Participatory Programming: Developing Programmable Bioinformatics Tools for End-Users. In End User Development (Vol. 9, pp. 207�242). Dordrecht: Springer Netherlands. doi:10.1007/1-4020-5386-X_10
      beschreibt, wie Entwickler an einfachsten Aufgaben scheitern, die nicht direkt explizit und einfach angeboten werden

      Einziger Ausweg: Blindes Kopieren, ohne zu verstehen 

      • 7c79 - prematureCommitment

        “connecting my old code with SeqAn […] failed"

      • 7c79 - personal

        “start my own work"

      • a202 - prematureCommitment
      • 3ff7 - provisionality
      • 60ba - hardMentalOperations

        Paraphrase: Unbekannte LET erschweren meine Programmentwicklung

        Unbekannt, von welchen “Konzepten” und “Konstrukturen” die Rede ist.

      • aba9 - workStepUnit

        “Am Anfang braucht man natürlich deutlich mehr [Codezeilen]."

      • a202 - hardMentalOperations

        "Es braucht sicher etwas Übung."

      • a202 - roleExpressiveness

        Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

      • aba9 - roleExpressiveness

        “Was eine Funktion tut, erkennt man nur schwer, weil man nicht sieht, wozu sie gehören. Davon hängt ab, was sie tun."

        "Teilweise fällt mir das ehr schwer"

      • 60ba - viscosity

        Befragter spricht von “Funktionalität"

        Die Bedeutung war mir erst unklar.
        Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

        Transkription:
        Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

        CD-Frage: “Are there particular changes that are more difficult or especially difficult to make? Which ones?"

      • 60ba - progressiveEvaluation

        wenig Bezug zur Frage; hat sich eher das Herz ausgeschüttet

      • 7c79 - viscosity
      • 7c79 - hardMentalOperations

        Stichpunktartige Paraphrase:

        - remembering complicated

        -- many templates

        -- many variants of types

        -- many variants of templates

        - difference unclear

        -- e.g. Dna5 and Dna5String

         

        Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

        Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

        Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

        Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

        Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

        Von Originalfrage: “Do some things seem escpecially complex or difficult […]?” + Aussage

      • 7c79 - errorProneness

        An Schilderung herauslesbar

      • 7c79 - provisionality

        “[…] for that I’d use […] something that doesn’t require me to spend time on getting type casting right."

      • 7c79 - learningStyle

        S4 = Advanced OOP system in R

        BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

        siehe andere Antworten / Kontext

      • KB: I use auto-completion in a much more basic way...
      • KB: "to make things more funny there are places in...
      • "That would be consistent" (39:10) (KONSISTENZ WIR...
      • KB: "That's exactly what I don't find consistent" ...
      • How do you know something is not okay?
      • Analyse is consequently erroneous
      • Refaktorisierung

        Schwer

        • Kompliert nicht auf anhieb
        • Ursachen
          • ​Typing 

        ​Sobald man was ändert, funktionierts/kompilierts nicht mehr.

        Wenn der Code nicht per copy/paste kam, ist er schwer zu entwickeln.

        (End User sind häufig opportunistisch und versuchen nur, Code zum Laufen zu bekommen - ohne Hintergründe zu verstehen; siehe bibtext://Ko:2011el The State of the Art in End-User Software Engineering (Ko and Myers 2003, Beckwith et al. 2005a))

        • 7c79 - viscosity

          “Refactoring"

      • Kompilieren
        • 3ff7 - progressiveEvaluation
    • Entwicklung in anderer Sprache/Framework

      Statt etwas in SeqAn zu schreiben, weicht ein Anwender auf eine andere Sprache / Framework aus.

      • 7c79 - provisionality

        " No, for that I’d use Perl or Python or even C."

• Cognitive Dimensions
  • Role Expressiveness / Benennungsproblem
    • Identifikation relevanter Funktionen

      Welche Funktionen stehen mir zur Verfügung?

      Anfänger beschreiben, dass Sie anfänglich nicht wissen, welche Funktionen ans Ziel führen / helfen?

      Mögliche Ursachen: Vocabulary Problem , Online-Dokumentation (Verbessert, Confusing) , (auch: Starter Object )

      Ist immer mit viel Zeitaufwand verbunden!!!

      Stand:

      Fehlende Funktionskategorisierung  ist Ursache für Probleme bei der Identifikation relevanter Funktionen

      Behebung vom Identifikationsproblem:

      Neben einer Funktionskategorisierung kann das auch eine sehr gute Suchfunktion sein.

      Grundsätzlich:

      Diese Information liegt vor, sie wird in der technischen Implementierung aber nicht abgebildet, sondern nur in der Doku.

      in the documentation there is this kind of informa... (z.B. String.length)

    • Generische Programmierung

      Grund: Erweiterbarkeit

      Das global interface mit seinen global interface functions ist eine SeqAn zugrunde liegende Design-Entscheidung, welches technisch durch den Einsatz von Templatemetaprogrammierung  realisiert wird.

      Die Grundidee ist, dass es generisch benannte globale Funktionen gibt, die für bestimmte Eingaben spezialisiert werden können.

      Funktionen können:

      • überhaupt ein Problem lösen (d.h. es gibt auch ungültige Eingabetypen)
        Bsp.: http://docs.seqan.de/seqan/dev3/index.html?q=length gilt für alle Eingaben, http://docs.seqan.de/seqan/dev3/?p=globalAlignment nicht
      • ein Problem effizienter lösen
        Bsp.: http://docs.seqan.de/seqan/dev3/?p=globalAlignment fällt in Abhängigkeit seiner Eingabe auch verschiedene Implementierungen mit gleichem Zweck zurück
      • verschiedene Probleme lösen

      Die generischen Funktionen in SeqAn verändern ihr Verhalten also in Abhängigkeit ihrer Parameter.
      Auch kann sich dabei der Rückgabewert ändern (was in C++ nicht unüblich ist):

      • http://docs.seqan.de/seqan/dev3/class_Fragment.html#Fragment%23label gibt ein Infix zurück
      • http://docs.seqan.de/seqan/dev3/specialization_EdgeIterator.html#Interface_Function_Overview gibt ein TAlphbet zurück

      Den Funktionen fehlt der Kontext / das starter/primary object, wie dies in den meisten OOP-Sprachen technisch erzwungen wird. In SeqAn existiert die Zugehörigkeit nur inhaltlich und muss der Dokumentation entnommen werden.

      In seiner aktuellen Form führt das global interface zu Inkonsistenzen bzgl. STL.

      ​

      Gespräch mit Martin Merl (22.09.2014):

      Es gibt nicht nur das Start Object Problem, es kann auch sein, dass das Verb (also die Funktion) im Mittelpunkt steht.
      Dann wäre der Gebrauch von globalen Funktion förderlich.

      Abhängig vom Background des Anwenders, kann es aber auch sein, dass der Funktionsname und nicht das Object im Mittelpunkt steht. Also als erste Frage nicht womit ich etwas mache, sondern was -> verb(object) statt object.verb()

    • 60ba - roleExpressiveness
    • Ununterscheidbarkeit von Typen

      Ähnliche Typen wie String, StringSet und array (z.B. SuffixArray) können nicht unterschieden werden.

      Ursache: Fehlendes Benennungschema (bereits kodiert)

      Im Unterschied zur Ununterscheidbarkeit von LET geht es hier um die gleiche LET.

      Bei d3b2 - hardMentalOperations scheint es um Container zu gehen.

      Beispiel String<String> vs StringSet

      “I just don’t see the difference between StringSet and String of Strings”, Alien: "I just don't see the difference between St... 

      Gleiche Person:

      - “I opened the documentation [and] just didn’t get the usage of StringSet. What you could do with StringSets you could also have done with String of Strings."

      Antworten von SeqAn-Entwicklern auch nicht deutlich. Ungefähre Zusammenfassung: An manchen Stellen braucht man sie und an manchen nicht unbedingt.

      Aber: Keine Standardempfehlung immer StringSets zu nehmen, denn es gibt auch Ausnahmen. Zumindest wird auf http://seqan.readthedocs.org/en/latest/Tutorial/SimpleRnaSeq.html zur Speicherung von Intervallen ein String<String> verwendet, was bei Kuchenbecker: [The latter] is not even true since ...  für Irritationen führt.

      String<String<TInterval> > intervals;

       

    • Funktionszweckunerkennbarkeit

      Macht die Funktion jetzt X oder Y?

      oder: 2 Funktionen brauchen auch 2 Namen

      Das Verhalten / der Zweck einer Funktion kann nicht erkannt werden.

      Warum? Weil die Funktionen nicht kategorisiert sind und somit nicht das primary/starter object erkennbar ist.

      Beispiel:

      TInfix label(frag, stringSet, seqID);

      http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=Fragment#Fragment%23label

      TAlphabet label(it);

      http://docs.seqan.de/seqan/develop/?p=OutEdgeIterator#OutEdgeIterator%23label 

      Fehler werden vornehmlich von Anfängern / Workshop-Besuchern gemeldet

    • Shortcuts

      Werden verständlicher mit existierendem   Fehlendes Benennungschema

      Design-Feature von citep{GogolDoring:2009vz} zur besseren Usability

      “I don’t like Shortcuts” 

      “If you read Peptide it makes you think that it’s more than a shortcut.”  7i: If you read Peptide it makes you think that it...  

      (weitere Zitate siehe Citations)

      Stimmungsbild klar: Shortcuts nerven. Shortcuts kann man selber deklarieren. Shortcuts täuschen eine Komplexität vor, die es nicht gibt.

      Wenn dann, technisch.

      0 Leute für Domänen

• Eigenschaften
  • Entwurfsentscheidungsziel

    Eigenschaft von  Entwurfsentscheidung (3 properties)  

    Phänomen-Quelle:  Gogol-Döring, A. (2009, November 12). SeqAn - A Generic Software Library for Sequence Analysis. (K. Reinert & D. Hudson). bibtex://GogolDoring...  

    Welches Ziel wird primär verfolgt?

    Mögliche Werte:

    • Performance
      Die Design-Entscheidung hat das Ziel, die Performance der auf der Library basierenden Programme zu erhöhen.
    • Usability
      (darunter fallen auch ähnliche Ziele wie Simplizität)
      Die Design-Entscheidung hat das Ziel, die Usability der auf der Library basierenden Programme zu erhöhen.
  • Entwurfsentscheidungsmotivation

    Eigenschaft von Entwurfsentscheidung (3 properties) 

    Phänomen-Quelle: Gogol-Döring, A. (2009, November 12). SeqAn - A Generic Software Library for Sequence Analysis. (K. Reinert & D. Hudson). bibtex://GogolDoring...

    Welche Motivation verbirgt sich hinter der Entscheidung? 

    Mögliche Werte:

    • Zielverfolungsabsicht
      Das Entwurfsentscheidungsziel (Performance, Usability) wird verfolgt.
    • Notwendige Folgeentscheidung
      Die  Entwurfsentscheidung (3 properties) musste getroffen werden (bewusst oder unbewusst), weil eine andere  Entwurfsentscheidung (3 properties) getroffen wurde. Vereinfacht: Wer A sagt muss auch B sagen.

     

  • Entwurfsentscheidungsgrundlage

    Eigenschaft von  Entwurfsentscheidung (3 properties)  

    Phänomen-Quelle:  Gogol-Döring, A. (2009, November 12). SeqAn - A Generic Software Library for Sequence Analysis. (K. Reinert & D. Hudson). bibtex://GogolDoring...

    Auf welche Grundlage kam die Entscheidung zu Stande? 

    Mögliche Werte:

    • explizit-empirisch
      • vermutlich hohe Wahrscheinlichkeit, das Ziel zu erreichen
      • ​empirischer Beleg
      • selbst erbracht oder Literatur
    • explizit-argumentativ
      • argumentiert
      • basierend auf eigener Erfahrung
      • wenn auf fremder Erfahrung basiert, dann muss Gegenstand hinreichende Nähe aufweisen
    • explizit-intuitiv
      • basiert auf eigenem Eindruck / Bauchgefühl
      • keine nachvollziehbaren Quellen angegeben 
    • implizit
      • unbewusst getroffen
      • ​dennoch eine Entscheidung mit Konsequenz. In diesem Fall ist die Einschätzung des Ziels ziemlich interpretativ.
• Kodes für Dissertation
  • phase3
    • A
      • A.1
        • A.1.1
    • B
      • B.1
        • B.1.1
  • colors
    • A
      • A1.
    • B
      • B.1
      • B.2
    • C
      • C.1
      • C.2
      • C.3
  • Templatemetaprogrammierung
    • phenomenon
  • Templatemetaprogrammierung
    • unspezifisch
    • Metafunktion
  • test
    • a
    • b
      • a
  • Wichtigkeit
    • Wichtig
    • Normal
    • Unwichtig

Relations

• Domänen-spezifische Benennung bedingt Technisch vs. Fachlich
  • "That a biological term mixed up with computer sci...
  • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
  • Should be AminoAcidString, "as ugly as it sounds y...
  • KB: "That's exactly what I don't find consistent" ...
  • 7I: "no no no no" (when I was saying domain-specif...
• Inkonsistenzen bzgl. STL verwendet Beispiel-Lernen
• Namenerraten torpediert durch Technisch vs. Fachlich
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
• Framework vs. Library bedingt Libraryerwartung
• Versteckte Parameterübergabe verschlechtert Einstieg
  • "But in this case it was artificially complicated"...
  • "It wasn't that straight forward as you would have...
  • AL: Problem occurred in the index tutorial
• Projektorganisation bedingt Programmentwicklung
• Experimentelle Hypothesenüberprüfung bedingt Einstieg
  • c547 - provisionality
• Dokumentationsstudium dennoch Lernkurve / Lernaufwand
  • 7c79 - prematureCommitment
• Fachliche Inkorrektheit bedingt Ununterscheidbarkeit von Typen
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

    Vermutung

• Lernkurve / Lernaufwand bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • 7c79 - roleExpressiveness

    Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

    Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

    Beispiel: Metafunktionen 

    Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

    “this is extremely un-intuitive” + Gesamteindruck (Unverständnis über Komplexität)

• String vs. Peptide bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
  • KB: "That's exactly what I don't find consistent" ...
  • "That a biological term mixed up with computer sci...
  • 7I: "no no no no" (when I was saying domain-specif...
• Kennenlernen / Evaluation von Tool-Entwicklung innerhalb einer Pipeline
  • 3ff7 - typicalProducts

    ergibt sich nur indirekt (also: Zum Kennenlernen wird erst einmal ein “kleines Tool” entwickelt)

• Shortcuts bedingt Ununterscheidbarkeit von Typen
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Motivation motiviert Einstieg
  • 7c79 - typicalProducts
• Generische Programmierung bedingt Funktionszweckunerkennbarkeit
  • it's the idea behind the members - that they belon...
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
  • you can't tell which global functions act on a cla...
• Entwurfsentscheidung bedingt Versagensverschleppung

  wegen Performance

• Technisch vs. Fachlich bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • KB: "That's exactly what I don't find consistent" ...
  • "That a biological term mixed up with computer sci...
  • Should be AminoAcidString, "as ugly as it sounds y...
• Compiler-Fehlermeldungen verwendet Backtracking
  • solution: simple backtracking - what did I change ...
  • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
• Sprachentitätstypen bedingt Funktionsgebrauch

  reine Vermutung!

  • 60ba - viscosity

    Befragter spricht von “Funktionalität"

    Die Bedeutung war mir erst unklar.
    Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

    Transkription:
    Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

• Refaktorisierung bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - viscosity
• Typing bedingt Refaktorisierung
  • 7c79 - viscosity
• Metafunktionen begünstigt Fehlende Dokumentation der Rückgabetypen
• Entwurfsentscheidung bedingt Syntaxprobleme

  wegen Performance und hohem Aufwand, sämtliche Operatoren zu überladen

• Benennungsinkonsistenz verschlechtert Einstieg
  • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
• Typing bedingt Programmentwicklung

  Sobald man was ändert, funktionierts/kompilierts nicht mehr.
  Wenn der Code nicht per copy/paste kam, ist er schwer zu entwickeln.

  7c79 nennt Typen, Castings, Templates usw. als Ursache.

   

   

  End User sind häufig opportunistisch und versuchen nur, Code zum Laufen zu bekommen - ohne Hintergründe zu verstehen
  Ko and Myers 2003; Beckwith et al. 2005a

  • 7c79 - prematureCommitment
  • 7c79 - errorProneness

    “incorrect types”, in Schilderung enthalten

  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

  • 7c79 - provisionality

    “No, for that I’d use Perl or Python or even C. Something that […] doesn’t require me to spend time on gettping type casting right."

  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

    “remembering all the"

• Typing bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

• Funktionsweise verwendet Gebrauchserklärung / Gebrauchsrekonstruktion
  • a202 - roleExpressiveness

    Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

• Fehlende Dokumentation der Rückgabetypen erschwert Einstieg
  • a202 - personal

    nicht klar, ob “schwer danach” oder nicht “schwer darin” gemeint ist.

    Daher Suchfunktion (Umständlich) und Auffindbarkeit 

• Work-Step Unit / Verbosität bedingt Lernkurve / Lernaufwand
  • 60ba - workStepUnit
• Bibliothekszuständigkeit verschlechtert Einstieg
  • 7c79 - personal
• Fehlende Best Practise Beispiele verschlechtert Funktionsrückgabenmodifikation
  • question: Is this the normal way of doing things i...
• Datenstrukturmodifikation bedingt Funktionsrückgabenmodifikation
  • KB: "to make things more funny there are places in...
  • AL: Wouldn't it be possible to remove the overload...
  • 7I: “it’s re-inventing the bracket operator" (17:1...
  • question: Is this the normal way of doing things i...
• Paradigmatische Prägung verwendet Konzeptverstehen
  • 7I: example: “length has to know all these contain...
• Libraryerwartung bedingt Projektorganisation
• Arbeitsstil verwendet Anwendungswiederverwendung

  Gilt für opportunistische Anwender

• Typing verschlechtert Einstieg
  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

• Strukturprobleme verwendet Blindes Kopieren
  • 7c79 - roleExpressiveness

    Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

    Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

    Beispiel: Metafunktionen 

    Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

    “requires a lot of reading […] and mostly I end up copying code snippets"

• Funktionsgebrauch bedingt Refaktorisierung
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Non-Atomarität verschlechtert Einstieg
  • but find with an index and a shape just in the log...
  • "It wasn't that straight forward as you would have...
• Funktionsrückgabenmodifikation bedingt Frustration / Resignation
  • 7I: "It's this inconstancy that make it hard" - (e...
• Generizität ermöglicht Programmentwicklung
  • a202 - prematureCommitment
• Blindes Kopieren bedingt Frustration / Resignation
  • 3ff7 - roleExpressiveness

    Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

  • 7c79 - roleExpressiveness

    Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

    Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

    Beispiel: Metafunktionen 

    Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

    “requires a lot of reading […] and mostly I end up copying code snippets"

• Performance motiviert Programmentwicklung
  • 60ba - similiarSystems
  • 7c79 - provisionality

    “I’d consider moving to SeqAn for speed."

• Geringer Usability-Anspruch bedingt Versteckte Parameterübergabe
• Templatemetaprogrammierung bedingt Work-Step Unit / Verbosität
  • 7c79 - workStepUnit

    “templates require a lot of overhead"

• Versagensverschleppung bedingt Programmentwicklung
  • How do you know something is not okay?
  • Analyse is consequently erroneous
  • Fixing the problem can take a long time until you ...
• Fehlende Autovervollständigung bedingt Frustration / Resignation
  • AL: would be still easier if there was auto-comple...
• Nicht-atomare Initialisierung bedingt Programmentwicklung
• Komplizierte Konstruktion von Typen verschlechtert Erlernbarkeit
  • 3ff7 - hardMentalOperations

    Besonders relevant, da User seit 4 Jahren

• Work-Step Unit / Verbosität bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - workStepUnit

    “As for SeqAn, some things seem to be extremely efficient […] but require a lot of overhead"

• Sprachentitätstypen bedingt Programmentwicklung
  • 7c79 - personal
  • 60ba - hardMentalOperations

    Paraphrase: Unbekannte LET erschweren meine Programmentwicklung

    Unbekannt, von welchen “Konzepten” und “Konstrukturen” die Rede ist.

• Paradigmatische Prägung bedingt Inkonsistenzen bzgl. STL

  Wenn der Anwender Vorkenntnisse in C++ hat und auf SeqAn trifft, wird der Inkonsistenzen zur STL antreffen.

  • 7I: terators also members
  • 7I: main issue: "SeqAn is not like the Standard Te...
  • “you don’t have to learn all the iterators and stu...
  • 7I: "SeqAn is a completely different way of doing ...
  • 7I: containers, …, …, "You expect to have all thes...
  • 7I: Modification of iterators in very intuitive
  • 7I: STL is templatized (“main issue”, “expected to...
  • 7I: "If SeqAn … had the same way of doing things l...
  • KB: “not clear why you have to go through all this...
  • KB: If there information not always true since the...
• Fehlende Anwendungsbeispiele verschlechtert Erlernbarkeit
• Fehlende Anwendungsbeispiele bedingt Programmentwicklung
  • 60ba - viscosity

    Befragter spricht von “Funktionalität"

    Die Bedeutung war mir erst unklar.
    Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

    Transkription:
    Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

• Strukturprobleme verwendet Blindes Kopieren
  • 3ff7 - roleExpressiveness

    Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

    nicht eindeutig,ob allgemeinoder nur in bei Uneindeutige Signaturbeschreibung (bei Funktionen) 

• Tutorials erleichtert Programmentwicklung

  "Der Einstieg fiel mir eigentlich recht leicht. [denn ich]  habe die Assignments gemacht und viel in die Dokumentation geschaut."

  • a202 - hardMentalOperations
• Uneindeutige Signaturbeschreibung verwendet Blindes Kopieren
  • 3ff7 - roleExpressiveness

    Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

• Generische Programmierung bedingt Fehlende Funktionskategorisierung

  Die Verwendung eines  Global Interface  macht es schwer (oder gar unmöglich?) eine Art zu finden, Funktionen zu Kategorisieren.

  Denn:

  • Funktionen müssen global sein, haben also kein primary object
  • Generische Funktionsnamen können sich entgegen ihres gleichlautenden Namen im Verhalten unterscheiden

  Die Anwesenheit einer Kategorisierung (durch ein starter object, einer Namenkonvention, etc.) würde

  • Funktionen leichter auffindbar machen
  • Die Role Expressiveness erhöhen, da man mehr Indizien hätte (Zugehörigkeit) mit der man auf den Zweck / das Verhalten schließen kann.
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
  • it's the idea behind the members - that they belon...
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
  • you can't tell which global functions act on a cla...
  • you can't tell which global functions act on a cla...
  • it's the idea behind the members - that they belon...
• Mächtigkeitserwartung motiviert Erlernbarkeit

  Der Eindruck, dass SeqAn mächtig ist, motiviert, sich dem Lernaufwand auszusetzen.

  • c547 - learningStyle
  • c547 - learningStyle
• Identifikation relevanter Funktionen verwendet Buffer-Autovervollständigung
  • KB: I use auto-completion in a much more basic way...
• Experimentelle Hypothesenüberprüfung verwendet Entwicklung in anderer Sprache/Framework
  • 7c79 - provisionality

    “No, for that I’d use Perl or Python or even C. Something that […] doesn’t require me to spend time on gettping type casting right."

• Nicht-technische Modellierung bedingt Identifikation relevanter Funktionen
• Technisch vs. Fachlich verschlechtert Einstieg
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
• Funktionszweckunerkennbarkeit bedingt Programmentwicklung
  • aba9 - roleExpressiveness

    “Was eine Funktion tut, erkennt man nur schwer, weil man nicht sieht, wozu sie gehören. Davon hängt ab, was sie tun."

• Fehlender Gesamtüberblick verschlechtert Erlernbarkeit
  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

• Genome Assembly motiviert Einstieg
  • a202 - mainPurpose
• Templatemetaprogrammierung bedingt Arbeit mit Iteratoren

  offensichtliche Folge der Template Programming Syntax

• Funktionsgebrauch verwendet Dokumentationsstudium
  • a202 - learningStyle
  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

• A.1 x B
• Typing bedingt Work-Step Unit / Verbosität
  • 7c79 - workStepUnit

    “typing […] seem to be extremely messy and require a lot of overhead"

• Fehlendes Benennungschema verschlechtert Einstieg
  • AL: If you have a metafunction and this double col...
  • There should be an explanation in the tutorials (4...
• A.1 x B.1
• Programmentwicklung bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

  • 7c79 - errorProneness

    logischer Schluss

  • 7c79 - prematureCommitment
• Ununterscheidbarkeit von Typen bedingt Programmentwicklung
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

    “trying to figure out"

• Template-Spezialisierung bedingt Typing
• Ununterscheidbarkeit von Typen verwendet Dokumentationsstudium
  • AL: "I just don't see the difference between Strin...
• Metafunktionen bedingt Komplizierte Konstruktion von Typen
  • 3ff7 - hardMentalOperations

    Besonders relevant, da User seit 4 Jahren

• Blindes Kopieren bedingt Lernkurve / Lernaufwand
  • 7c79 - roleExpressiveness

    Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

    Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

    Beispiel: Metafunktionen 

    Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

    Gesamteindruck (Äußerungen + Intensivität der Auseinandersetzung mit SeqAn) lässt nicht darauf schließen, dass Verständnis-Probleme schnell gelöst wurden

• Funktionsgebrauch bedingt Kompilieren
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Identifikation relevanter Funktionen bedingt Programmentwicklung
  • aba9 - workStepUnit
  • 60ba - progressiveEvaluation

    wenig Bezug zur Frage; hat sich eher das Herz ausgeschüttet

• Wissenswiederverwendung bedingt Inkonsistenzen bzgl. STL
• Workshop-Erlernen Kontext Funktionszweckunerkennbarkeit
  • aba9
• Datenstrukturmodifikation bedingt Operatoreninkonsistenz
  • 7I: "It's this inconstancy that make it hard" - (e...
  • 7I: “it’s re-inventing the bracket operator" (17:1...
  • question: Is this the normal way of doing things i...
  • 7I: sometimes it returns a copy instead of a refer...
  • AL: Wouldn't it be possible to remove the overload...
  • 7I: small summary: You don't know when there is th...
  • KB: "to make things more funny there are places in...
• Fehlender Gesamtüberblick verschlechtert Einstieg
  • c547 - hardMentalOperations

    Verschiedene Lesarten:

    1. Ich muss mich erst an die vorhandene Funktionalität gewöhnen.

    2. Ich muss erst verstehen, welchen Funktionen überhaupt bereit stehen.

  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

  • c547 - provisionality
  • 7c79 - personal
• Funktionsweise bedingt Programmentwicklung
  • a202 - roleExpressiveness

    Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

• Inkonsistenzen bzgl. STL verwendet Heuristik-Entwicklung
• Fehlende Dokumentation der Rückgabetypen verstärkt Funktionszweckunerkennbarkeit
  • aba9 - roleExpressiveness

    “Was eine Funktion tut, erkennt man nur schwer, weil man nicht sieht, wozu sie gehören. Davon hängt ab, was sie tun."

• Funktionsrückgabenmodifikation bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • 7I: “it’s re-inventing the bracket operator" (17:1...
• Dokumentationsprobleme bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - prematureCommitment
• Komplizierte Konstruktion von Typen bedingt Frustration / Resignation
• Compiler-Fehlermeldungen bedingt Frustration / Resignation
  • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
• A x B
• Backtracking verwendet Debugging
  • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
• Metafunktionen bedingt Funktionsgebrauch
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Einstieg bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - workStepUnit

    “extremely messy and require a lot of overhead"

  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

  • 7c79 - typicalProducts
• Synonyme / Redundanz bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • AL: "I don't like Shortcuts"
  • Why would you need to have shortcuts if you had to...
  • “everyone you needs a shortcut would just define h...
  • GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it...
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
• Funktionszweckunerkennbarkeit verschlechtert Einstieg
  • 7c79 - consistency
  • AL: If you have a metafunction and this double col...
  • There should be an explanation in the tutorials (4...
• Experimentelle Hypothesenüberprüfung bedingt Frustration / Resignation
  • 3ff7 - progressiveEvaluation
  • 7c79 - provisionality

    “No, for that I’d use Perl or Python or even C. Something that […] doesn’t require me to spend time on gettping type casting right."

• Funktionsrückgabenmodifikation bedingt Sarkasmus
  • KB: "to make things more funny there are places in...
• Programmentwicklung bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • 7c79 - personal
• Paradigmatische Prägung erwartet Identifikation relevanter Funktionen

  OOP-Hintergrund

  • it's the idea behind the members - that they belon...
  • AL: "members of the objects are not listed"
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
• Tutorials erleichtert geringfügig Erlernbarkeit

  Wird als hilfreich, aber aufwändig beschrieben.

  Mehrfach fällt der Begriff “Disziplin", d.h. die Usability-Probleme werden abgeschmälert aber nicht vollständig behoben.

  • 3ff7 - learningStyle
  • aba9 - progressiveEvaluation
  • aba9 - learningStyle
• Dokumentationsformat bedingt Fehlende Dokumentation der Rückgabetypen
• Geringer Usability-Anspruch bedingt Nicht-atomare Initialisierung
• Domänen-spezifische Benennung bedingt Fachliche Inkorrektheit
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Inkonsistenzen bzgl. STL bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - workStepUnit

    “templates seem to be extremely messy and require a lot of overhead"

• Benennungsinkonsistenz bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it...
  • GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it...
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
  • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
• Metafunktionen bedingt Fehleranfälliges Setzen von Template-Parametern
  • 3ff7 - errorProneness
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Fehlender Gesamtüberblick bedingt Programmentwicklung
  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

• Tätigkeitsbereich beeinflusst nicht Technisch vs. Fachlich
• Funktionsrückgabenmodifikation verschlechtert Einstieg
  • 7I: small summary: You don't know when there is th...
  • 7I: sometimes it returns a copy instead of a refer...
  • question: Is this the normal way of doing things i...
  • 7I: "It's this inconstancy that make it hard" - (e...
  • 7I: “it’s re-inventing the bracket operator" (17:1...
• Abstraktionssuggestion bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
  • GM: "It's just stupid”, “what’s the difference. it...
  • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
  • AL: "I don't like Shortcuts"
• Fehlende Anwendungsbeispiele verwendet Dokumentationsstudium
  • 60ba - viscosity

    Befragter spricht von “Funktionalität"

    Die Bedeutung war mir erst unklar.
    Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

    Transkription:
    Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

• Paradigmatische Prägung verwendet Namenerraten

  Viele Entwickler verlassen sich auf bestimmte Namensgebung und erraten so den Namen.
  Beispiele sind length und substring.

• Fehlende Funktionskategorisierung bedingt Identifikation relevanter Funktionen
• Inkonsistenzen bzgl. STL bedingt Lernkurve / Lernaufwand
  • “you don’t have to learn all the iterators and stu...
  • KB: “not clear why you have to go through all this...
• Ununterscheidbarkeit von Typen bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

    “trying to figure out"

  • AL: "I just don't see the difference between Strin...
• Benennungsprobleme bedingt Frustration / Resignation
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

    “trying to figure out"

• Identifikation relevanter Funktionen verwendet Anfangsklassenverwendung
• Nicht-technische Modellierung verschlechtert Einstieg

  Informationen wie Bedeutung von LET existiert nur logisch aber nicht technisch.
  Alles mit — wenn das überhaupt getan wird — in der Dokumentation nachgelesen werden.

• Generische Programmierung bedingt Inkonsistenzen bzgl. STL

  Die jetztige Form der global interface führt dazu, dass Funktionen, die in der STL als Member-Funktionen realisiert wurden, in SeqAn global sind.

  Das stellt einen Inkostenz dar.

  • you can't tell which global functions act on a cla...
  • it's the idea behind the members - that they belon...
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
• Fehlendes Benennungschema bedingt Konventionen
  • AL: If you have a metafunction and this double col...
  • There should be an explanation in the tutorials (4...
• Inkonsistenzen bzgl. STL verwendet Explorationsstrategien
• Work-Step Unit / Verbosität erschwert Programmverstehen
  • a202 - workStepUnit

    “etwas zu wenig, da […] es mir dadurch schwer fällt nachzuvollziehen was hier genau passiert"

• Versagensverschleppung bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • How do you know something is not okay?
• Shortcuts bedingt Abstraktionssuggestion
  • AL: "I don't like Shortcuts"
  • "I think it's easier if you have in mind the struc...
  • 7I: If you read Peptide it makes you think that it...
• Fehleranfälliges Setzen von Template-Parametern bedingt Funktionsgebrauch
  • 7c79 - errorProneness

    “using incorrect type”, “calling incorrect variant of a function"

• Typing verwendet Metafunktions-Heuristik
• Ununterscheidbarkeit von Typen verwendet Eigenschaftsraten
  • AL: "I just don't see the difference between Strin...
• Datenstrukturmodifikation bedingt Versteckte Parameterübergabe
  • but find with an index and a shape just in the log...
  • the hash value should be stored in another object
  • "It wasn't that straight forward as you would have...
  • “I think the hash value does not belong to the sha...
  • "But in this case it was artificially complicated"...
  • AL: Problem occurred in the index tutorial
  • the resulting hash value is stored in the shape wh...
• Templatemetaprogrammierung bedingt Nicht-technische Modellierung
• Fehlende Autovervollständigung verwendet Namenerraten
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
  • KB: "Even if you find the global function by name ...
• Templatemetaprogrammierung erschwert Lesbarkeit Compiler-Fehlermeldungen
• Shortcuts bedingt Synonyme / Redundanz
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
  • “everyone you needs a shortcut would just define h...
  • "I think it's easier if you have in mind the struc...
  • AL: "I don't like Shortcuts"
• Lernfortschritt mittels Tutorials erleichert Erlernbarkeit
  • c547 - learningStyle
• Namenerraten dennoch Verunsicherung
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
• Inkonsistenzen bzgl. STL bedingt Arbeit mit Iteratoren
• Funktionsgebrauch bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Fehlende Anwendungsbeispiele bedingt Funktionsweise
  • a202 - roleExpressiveness

    Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

• Funktionsrückgabenmodifikation bedingt Programmentwicklung
  • KB: "to make things more funny there are places in...
• Dokumentationsformat bedingt Fehlende Autovervollständigung
• Fehlendes Benennungschema bedingt Role Expressiveness / Benennungsproblem
• Compiler-Fehlermeldungen bedingt Defektanalyse-Heuristik
  • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
• Sprachentitätstypen verwendet Blindes Kopieren
  • 7c79 - roleExpressiveness

    Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

    Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

    Beispiel: Metafunktionen 

    Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

    “most of the time I copy code snippets that seem to do what I need. I have little understanding why in a particular place a particular form or variant or an idiom is used in place of another one."

• Versagensverschleppung bedingt Frustration / Resignation
  • Fixing the problem can take a long time until you ...
• Funktionszweckunerkennbarkeit bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - consistency
• SVN verschlechtert Einstieg
  • eb6d - personal
• Dokumentationsprobleme bedingt Benutzerfreundlichkeitserwartung
  • d3b2 - learningStyle
• Inkonsistenzen bzgl. STL verwendet Anwendungswiederverwendung
• Mächtigkeit motiviert Erlernbarkeit
  • 7c79 - workStepUnit
  • 60ba - mainPurpose
• Funktionsgebrauch verschlechtert Erlernbarkeit
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

• Abstraktionssuggestion verschlechtert Einstieg
  • 7I: If you read Peptide it makes you think that it... (grounding Benennungsinkonsistenz bedingt Unverständnis / Genervtheit)
  • 7I: "If you look up Shortcuts: 'Oh it's just that!...
• Gebrauchserklärung / Gebrauchsrekonstruktion scheitert an Fehlende Dokumentation der Rückgabetypen
  • a202 - roleExpressiveness

    Anwender schließt mit Rückgabewert auf die Funktionsweise der Funktion (hier: Bewegt sich der Iterator oder wird einer erzeugt)

• Versagensverschleppung erschwert Diagnosestrategien
  • Fixing the problem can take a long time until you ...
  • Analyse is consequently erroneous
• Lernfortschritt mittels Tutorials verbessert nicht Programmentwicklung
  • 7c79 - personal

    "However, while I found the tutorials easy to follow and to complete, I found it very hard to start my own work."

    “I [had] a very good time writing simple apps. But when I tried something more complex, I immediately run into a wall."

• Dokumentationsprobleme wenig hilfreich Einstieg
  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

• Fehlendes Benennungschema bedingt Funktionszweckunerkennbarkeit
  • AL: If you have a metafunction and this double col...
  • There should be an explanation in the tutorials (4...
• Inkonsistenzen bzgl. OOP verschlechtert Einstieg
• Fehleranfälliges Setzen von Template-Parametern bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - errorProneness

    “SeqAn makes me feel stupid”, “calling incorrect variant of a function"

• Domänen-spezifische Benennung bedingt Benennungsinkonsistenz
  • A string of chars is a CharString and a string of ...
  • Should be AminoAcidString, "as ugly as it sounds y...
  • "That would be consistent" (39:10) (KONSISTENZ WIR...
• Dokumentationsstudium verwendet Eigenschaftsraten
  • AL: "I just don't see the difference between Strin...
• Konzeptverstehen scheitert und verschlechtert Programmentwicklung
  • 7I: example: “length has to know all these contain...
• Suchfunktion verschlechtert Einstieg
  • a202 - personal

    nicht klar, ob “schwer danach” oder nicht “schwer darin” gemeint ist.

    Daher Suchfunktion (Umständlich) und Auffindbarkeit 

• Fehlende Autovervollständigung verwendet Dokumentationsstudium
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
• Dokumentationsstudium bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - prematureCommitment
• Performanceerwartung motiviert Erlernbarkeit
  • c547 - learningStyle
  • 7c79 - workStepUnit

    "As for SeqAn, some things seem to be extremely efficient" + Gesamteindruck

  • 7c79 - workStepUnit
  • 7c79 - provisionality
• Generische Programmierung bedingt Identifikation relevanter Funktionen
  • in the documentation there is this kind of informa...
  • it's the idea behind the members - that they belon...
  • AL: "members of the objects are not listed"
  • you can't tell which global functions act on a cla...
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
• Experimentelle Hypothesenüberprüfung bedingt Programmentwicklung
  • 3ff7 - provisionality
• Fehlendes Benennungschema bedingt Shortcuts

  Macht in vielen Fällen als Erklärung für beobachtete Probleme im Umgang mit Shortcuts Sinn, denn der Shortcut hätte erkannt werden können (durch Kenntnis des Names oder des Konzepts - siehe Unbekannte Konstrukte / LET).

  7c79 - hardMentalOperations  

• A x B.1
• Dokumentationsprobleme verwendet Beispiel-Lernen
  • 60ba - viscosity

    Befragter spricht von “Funktionalität"

    Die Bedeutung war mir erst unklar.
    Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

    Transkription:
    Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

• Tutorials erleichtert Einstieg
  • a202 - hardMentalOperations (grounding Tutorials erleichtert Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell))
  • af6c - learningStyle
  • c547 - learningStyle
  • a202 - learningStyle
  • d3b2 - learningStyle
  • 7c79 - personal

    "However, while I found the tutorials easy to follow and to complete, I found it very hard to start my own work."

  • 7c79 - learningStyle

    S4 = Advanced OOP system in R

    BWT = http://en.wikipedia.org/wiki/Burrows–Wheeler_transform 

• Paradigmatische Prägung bedingt Inkonsistenzen bzgl. OOP

  OOP-Hintergrund

  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
  • "not comparable to the Java API"
• Generische Programmierung bedingt Inkonsistenzen bzgl. OOP
  • you can't tell which global functions act on a cla...
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
  • it's the idea behind the members - that they belon...
• Geringer Usability-Anspruch bedingt Sichtbarmachung der Implementierung
• Fehlende Best Practise Beispiele macht möglich Frustration / Resignation
  • 3ff7 - personal
• Sortierung der Suchergebnisse verschlechtert Einstieg
  • a202 - learningStyle
• Benutzerfreundlichkeitserwartung dennoch Lernkurve / Lernaufwand
  • 7c79 - roleExpressiveness

    Dem Anwender unbekannte LET / Konstrukte führen zu Verständnis- u. folglich zu Anwendungsschwierigkeiten.

    Ist wie bei 60ba - hardMentalOperations  der Interaktionsgrad mit anderen “Konzepten" / “Konstrukten” zu stark, erschwert dies die Programmentwicklung (Unmöglich, Langsam, Schnell) .

    Beispiel: Metafunktionen 

    Vielleicht sogar nur Template Programming  Konstrukte, die Probleme bereiten. Dafür spricht auch 7c79 - roleExpressiveness  "form or variant or an idiom is used in place of another one”, wo sehr wahrscheinlichvon Templates die Rede ist

    “this is extremely un-intuitive […] and I mostly end up copying code snippets"

  • d3b2 - learningStyle
• Metafunktionen bedingt Uneindeutige Signaturbeschreibung
  • 3ff7 - roleExpressiveness

    Aus dem letzten Satz geht nicht hervor, ob die Code bei Metafunktionen allgemein oder nur bei uneindeutigen Funktionssignaturen verwendet.

• Paradigmatische Prägung erfordert Werkzeugunterstützungsprobleme

  OOP-Anwender (insb. Java-Anwender) sind an den Komfort des hohen IDE-Supports gewöhnt, was Auswirkungen auf die Programmier- und Lernweise hat.

  • "not comparable to the Java API"
  • AL: "auto-completing is missing"
• Inkonsistenzen bzgl. STL verschlechtert Einstieg

  Anwender mit einem C++-Hintergrund / Inkonsistenzen zur STL feststellen, haben einen unnötig schweren Einsteig, denn Sie müssen die Gebrauch erlernter Konzepte (STL) erneut lernen (SeqAn).  

  • 7I: containers, …, …, "You expect to have all thes...
  • “you don’t have to learn all the iterators and stu...
  • KB: “not clear why you have to go through all this...
  • 7I: "If SeqAn … had the same way of doing things l...
• Werkzeugunterstützungsprobleme verschlechtert Einstieg
  • eb6d - personal

    Damit ist der Zwang zur Kommandozeile gemeint.

• Nicht-technische Modellierung bedingt Funktionszweckunerkennbarkeit
• Lernkurve / Lernaufwand bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - prematureCommitment
• Fehlende Funktionskategorisierung bedingt Funktionszweckunerkennbarkeit

  Wenn man nicht erkennt, welchem primary/starter object eine Funktion zugehörig ist, kann man bei einem konkreten Anwendungsfall nicht ohne weiteres sagen, was die Funktion hier tut.

  • aba9 - roleExpressiveness

    “Was eine Funktion tut, erkennt man nur schwer, weil man nicht sieht, wozu sie gehören. Davon hängt ab, was sie tun."

    Weil die Funktionszugehörigkeit “nicht so ganz ersichtlich” (aba9 - roleExpressiveness) ist, kann man sich nicht erklären, was die Funktion hier genau tut.

• Typing bedingt Experimentelle Hypothesenüberprüfung
  • 7c79 - provisionality

    "No, for that I'd use Perl or Python or even C. Something that is not necessarily fast, but doesn't require me to spend time on getting type casting right."

• Benennungsinkonsistenz bedingt Programmentwicklung
  • KB: "That's exactly what I don't find consistent" ...
  • "That would be consistent" (39:10) (KONSISTENZ WIR...
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

    “trying to figure out"

• Metafunktionen bedingt Sprachentitätstypen
• Typing bedingt Frustration / Resignation
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

    “remembering all the"

  • 7c79 - errorProneness

    “SeqAn makes me feel stupid”, “incorrect type"

  • 7c79 - workStepUnit

    “extremely messing and require a lot of overhead"

  • 7c79 - provisionality

    “No, for that I’d use Perl or Python or even C. Something that […] doesn’t require me to spend time on gettping type casting right."

• Funktionsgebrauch behindert Experimentelle Hypothesenüberprüfung
  • 3ff7 - provisionality
• Identifikation relevanter Funktionen verschlechtert Einstieg
  • c547 - hardMentalOperations

    Verschiedene Lesarten:

    1. Ich muss mich erst an die vorhandene Funktionalität gewöhnen.

    2. Ich muss erst verstehen, welchen Funktionen überhaupt bereit stehen.

• Performanceerwartung motiviert Programmentwicklung
  • 7c79 - provisionality

    “I’d consider moving to SeqAn for speed."

• Punkt-Funktionssuche findet heraus Fehlende Autovervollständigung
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
• Shortcuts bedingt Benennungsinkonsistenz
  • "That would be consistent" (39:10) (KONSISTENZ WIR...
  • Should be AminoAcidString, "as ugly as it sounds y...
  • A string of chars is a CharString and a string of ...
• Fehlende Autovervollständigung verschlechtert Einstieg
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
• Paradigmatische Prägung erwartet Bibliothekszuständigkeit

  OOP-Hintergrund

  • it's the idea behind the members - that they belon...
  • AL: "members of the objects are not listed"
  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
• Templatemetaprogrammierung bedingt Dokumentationsformat
• Compiler-Fehlermeldungen verschlechtert Einstieg
  • AL: "hard when the compiler tells you that the err...
• Inkonsistenzen bzgl. STL bedingt Unverständnis / Genervtheit
  • KB: “not clear why you have to go through all this...
  • 7I: STL is templatized (“main issue”, “expected to...
• Nicht-technische Modellierung bedingt Fehlende Funktionskategorisierung
• Funktionsgebrauch bedingt Programmentwicklung
  • 7c79 - hardMentalOperations

    Stichpunktartige Paraphrase:

    - remembering complicated

    -- many templates

    -- many variants of types

    -- many variants of templates

    - difference unclear

    -- e.g. Dna5 and Dna5String

     

    Frage: Was ist gemeint, wenn hier von Templates gesprochen wird?

    Funktions-Templates oder Klassen-Templates?

    Sehr wahrscheinlich Klassen-Template, denn Funktions-Templates können meist so wie normale Funktionen aufgerufen werden.

    Klassen-Templates werden in SeqAn, wie in http://trac.seqan.de/wiki/Tutorial/Metafunctions erklärt, als Metafunktionen eingesetzt. Also: Es geht nicht um Generic Classes (z.B: String<X>), sondern um Berechnungen, deren Ergebnis meist in ::Type steckt. vgl. auch Template Programming und Metafunktionen .

    Die führt zu einer neuen Familie von Funktionen, die dem Anwender schwer fallen.

  • 60ba - viscosity

    Befragter spricht von “Funktionalität"

    Die Bedeutung war mir erst unklar.
    Der Befragte  60ba - progressiveEvaluation  hat mr Klarheit verschafft. Dieser spricht davon, wie man eine Funktion genau anwendet. Das ist hier sehr wahrscheinlich auch gemeint gewesen.

    Transkription:
    Wenn es zu wenig Beispiele gibt oder ich nicht den Gebrauch einer Funktion verstehe, komme ich ins schleudern.

  • 7c79 - errorProneness

    “using incorrect type”, “calling incorrect variant of a function"

  • 60ba - progressiveEvaluation

    wenig Bezug zur Frage; hat sich eher das Herz ausgeschüttet

• Fehlendes Benennungschema bedingt Ununterscheidbarkeit von Typen
• Performance verschmerzt Inkonsistenzen bzgl. STL
  • 7I: containers, …, …, "You expect to have all thes...
• Identifikation relevanter Funktionen verwendet Punkt-Funktionssuche
  • AL: “I just put the dot and the IDE shows me the a...
• Komplizierte Konstruktion von Typen bedingt Programmentwicklung
  • 3ff7 - hardMentalOperations

    Besonders relevant, da User seit 4 Jahren

• Benennungsprobleme verschlechtert Erlernbarkeit
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• Paradigmatische Prägung erwartet Fehlende Funktionskategorisierung

  OOP-Hintergrund

  • 7I: "all the functions that act on a class you don...
  • it's the idea behind the members - that they belon...
  • AL: "members of the objects are not listed"